kapsid är en omfattande öppen källkod plattform som integrerar en högpresterande beräknings pipeline för patogen sekvensidentifiering & nbsp; och karakterisering i mänskliga genom och transcriptomes tillsammans med en skalbar resultat databas och ett användarvänligt webbaserat programvara för att hantera, att fråga och visualisera resultaten.
Komma igång
Du behöver en MongoDB databas en Python 2.6+ installation och Apache Tomcat 6+. För mer information, läs wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What är ny i den här versionen:
- Fixar Felmeddelande när du kör subtraktion och inriktning inte hittas
- Mer arbete på fastställande långa löpande frågor
Vad är nytt i version 1.4.2:
- Avlägsnar MongoKit beroendet
Vad är nytt i version 1.4.1:
- Fixar markören timeout för långa löpande statistik frågor
Vad är nytt i version 1.4.0:
- Lägger statistik medan de körs i stället alla vid slutet
- Sparar unikt id för gener som uid
Vad är nytt i version 1.2.7:
- Fixar README
Vad är nytt i version 1.2.6:
- Subtraktion filtrerar bort unmapped När man bygger mappas läser
Vad är nytt i version 1.2:
- Verktyg för att skapa FastQ filer från unmapped läser
- Utility att återvända korsningen av FastQ filer
- Verktyg för att återvända filter FastQ filer
- Lade mapq tröskel flagga för att subtraktion
- Gbloader kan nu ladda bakterier och svampgenom
- Sparar genomsekvenser till databasen med hjälp GridFS
- Minskad minnesanvändning vid beräkning statistik
- användning delprocesser istället för os.system
- mapq poäng filtret behöver inkludera 0
Vad är nytt i version 1.1:
- lägger till stöd för paret slut läser
Vad är nytt i version 1.0.1:
- Stöd för MongoDB autentisering
Krav :
- Python
Kommentarer hittades inte