Ghemical är en beräkningskemi programpaket släppt under GNU GPL. Det innebär att full källkod av paketet är tillgänglig, och användarna är fria att studera och ändra åtgärdspaketet. Ghemical är skrivet i C ++.
Ghemical projekt har ett grafiskt användargränssnitt (som bygger på GNOME), och det stöder både kvantmekanik (semi-empirisk och ab initio) modeller och molekylmekaniska modeller (det är en experimentell Tripos 5.2-liknande kraftfält för ekologisk molecu också ett verktyg för minskade proteinmodeller [1] ingår. Geometri optimering, molekyldynamik och ett stort antal visualiseringsverktyg är för närvarande tillgängliga.
Ghemical förlitar sig på yttre kod för att tillhandahålla de kvantmekaniska beräkningar. Semi-empiriska metoder MNDO, Mindo / 3, AM1 och PM3 kommer från MOPAC7 paketet (Public Domain), och ingår i distributionskällan.
Den mpqc paketet (GNU GPL) används för att ge från början metoder: de metoder som bygger på Hartree-Fock teori stöds för närvarande med ränte uppsättningar som sträcker sig från STO-3G till 6-31G **.
Den mpqc koden ingår inte i distributionskällan. För att kunna använda den mpqc Baserade ab initio metoder i Ghemical, måste du först kompilera och installera mpqc programmet för ditt system, och sedan sammanställa Ghemical använda några specifika inställningar som länkar programmen tillsammans; se filen INSTALL för mer information. Ghemical innehåller också openbabel paket för import och export av många olika filformat (liksom andra uppgifter).
Installation
När du har laddat ner den senaste versionen, ska du extrahera alla filer från arkivfilen med hjälp av "tar -zxvvf Ghemical-1.00.tgz" eller ekvivalent "gunzip Ghemical-1.00.tgz, tjära -xvvf Ghemical-1.00.tar". Efter det kan du läsa "Install" -fil du bara extraheras för att få ytterligare information.
Vad är nytt i den här versionen:
Kommentarer hittades inte