Staden Package är en fullt utvecklad uppsättning av DNA-sekvens montering (Gap4), redigering och analysverktyg (Spin) för Unix, Linux, MacOS X och MS Windows.
På Gap4 fronten har det förekommit flera mindre förbinder tillhörande
förbättringar i hur det får förenar in Sök inre Fogar och
funktionalitet align knappen i Gå Editor.
Även följd till gap4 är de olika ändringar io_lib (den
bibliotek för alla I / O för olika spår filformat). Med tillägg
ett nytt hash_exp program det nu tillåter experimentfiler vara
sammanlänkade med varandra och indexeras. Listan experiment filnamn
bör stil föras gap4, men under förutsättning att EXP_PATH miljön
variabel har ställts in korrekt gap4 kommer att kunna hämta enskilda
sekvenser ur sammanlänkade experimentet filen
arkiv. Förbättringar av användargränssnittet för måste fortfarande vara
görs.
454 SFF arkiv nu bättre stöd. De defsult 454 index
nu fungera, även om hash_sff programmet kan användas för att tillhandahålla en
alternativ indexering strategi (möjligen snabbare i vissa fall).
Gap4 och Trev har också en annan spårvisningsformatet för spår som
har 1 prov scan (x4 kanaler) per bas samtal. I detta fall är det möjligt
också dra 4 förtroende värden i stället för 1 per bas. Dessa förmågor
kommer att möjliggöra en bättre integrering av Solexa spår när lättare
tillgängliga.
Plus naturligtvis vanliga blandningen av buggfixar och mindre tweaks. Se
fullständiga ändringsloggen för mer information (via Sourceforge webbplats).
Andra noterbara förändringar
Gap4
Kommentarer hittades inte