NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit ger gratis, bärbara, bibliotek allmän egendom utan begränsningar använder. Det fungerar på Unix, MS Windows och Mac OS-plattformar:
ย ท Nätverk och Interprocess Communication (IPC) bibliotek med iostream adaptrar
ย ท Multithreading Bibliotek
ย ท CGI och Fast-CGI Library
ย ท HTML Generation Library
ย ท SQL Databasåtkomst Bibliotek
ย ท C ++ wrapper bibliotek för BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Adapter / Wrapper Biblioteket
ย ท GZIP och BZ2 C ++ Wrapper Biblioteket med iostream adaptrar
ย ท ASN.1 och XML Serialization bibliotek med C ++ Code Generator Tool (datatool)
ย ท Datum och tid Bibliotek
ย ท File System Function Library
ย ท Command-Line Argument, konfiguration och miljö Processing Library
ย ท sekvensinpass Algoritmer Bibliotek
ย ท BLAST Motor Bibliotek
ย ท Biologisk Sekvenser hämta och behandla Library
ย ท Bärbar FLTK och OpenGL baserade GUI och grafiska bibliotek
Förutom ovanstående finns det en hel del mer användbara bibliotek, både generell och bioteknikrelaterade som ständigt utvecklas, underhålls och används i verkliga livet produktionen av hundratals webb och fristående applikationer och deras programmerare (även räknas i hundratal).
Om du är en C ++ utvecklare hittar den bärbara karaktär biblioteken mycket användbara i att bygga plattformsoberoende applikationer, även om du inte har mycket intresse i bioinformatik. Bibliotek såsom de för CGI / spola CGI, HTML, nätverk, SQL databasåtkomst, ASN.1 och XML Serialization är ganska allmänt ändamål och kan användas i en mängd olika tillämpningar utanför Bioinformatik problemdomänen.
C ++ Toolkit genomgår aktiv utveckling med biblioteken byggs varje natt. Källkoden är fritt tillgänglig via FTP och CVS. Dokumentationen för C ++ Toolkit är tillgänglig online på NCBI Bookshelf format och även som nedladdningsbar bok i Acrobats PDF-format

Vad är nytt i den här versionen:.

• HÖJDPUNKTER:
• Lade LDS2 (Local Data Storage v.2), som är baserad på SQLite3, har nya funktioner och bättre prestanda. Också genomfört LDS2 uppgifter rare att använda LDS2 från Object Manager.
• XmlWrapp-detta praktiskt XML hantering API har varit mestadels färdiga (och även polerade).
• Genomfört tunnel- och godkännande av HTTP-anslutningar och tunnel av säkra uttag, via HTTP-proxyservrar.
• CFormatGuess medger nu att skilja mellan GTF, GFF3 och GFF2. Det är en eventuellt bryta förändring. För mer information se nedan.
• genomfört stora delar av CFeatTree, klassen att organisera funktioner definierade på en biologisk sekvens i en hierarki som återspeglar deras föräldrar och barn relationer (baserad på lång subtyper).
• CORELIB:
• Genomfört locale oberoende konvertering av sträng fördubblas och tillbaka; ändrade bibliotek kärn att använda den.
• NStr :: Motivera () - för formatering av textstycken
.
• CNcbiApplication - gör FindProgramExecutablePath statisk, och mer robust; lägga till en statisk högre nivå GetAppName metoden. Leta efter globala konfigurationsfiler i fler fall.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Nya metoden utsätta logiken bestämma vilken fil (om någon) för att ladda
• CEnvironmentCleaner -. Nya klass för att kasta oönskad miljövariabler
• CFileIO - tillbaka till ursprungliga beteende:. Inte stänga filen handtaget om det tilldelas via SetFileHandle ()
• SERIAL:
• Serialization av anycontent dataobjekt - fast att känna igen och korrekt process attribut i deras värden
.
• Korrigerat läsningen av XML-data för att tilldela ett element standardvärde när den har inget innehåll.
• Utökat stöd för sekvenser av element, där elementet har ett standardvärde.
• DATATOOL:
• Korrigerad kodgenerering av:
• CHOICE dataobjekt;
• binära datatyper med attribut.
• Korrigerad konvertering av dubbla typ värden att bevara mer signifikanta siffror.
• CONNECT:
• Inkom keepalive socket alternativet (fSOCK_KeepAlive).
• Lade NCBI anslutningstestet (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile -. Ny funktion för att lokalisera datafiler i (konfigurerbara) standard platser
• CChecksumStreamWriter -. Nya klass för att beräkna kontrollsumman för data som skrivs till en ström
• g_GZip_ScanForChunks () - nytt API, att fråga komprimerade stream positioner. Inkom genomförande för att få positioner för separata gzip-filer i sammanlänkade gzip filen.
• Inkom komprimering / dekomprimering stream manipulatorer (inkluderar / util / komprimera / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {H / c} pp) uppdateras med en eventuellt bryta förändring. Syftet med detta är att tillåta CFormatGuess att skilja mellan GTF, GFF3 och GFF2. För närvarande klumpar alla dessa format till en en "eGtf 'värde. Den gamla "eGtf 'värde (3) ersätts med" eGtf_POISONED ", och kommer inte att returneras igen. Det nya värdet för 'eGtf "(21) kommer att innebära en fil som ska läsas med CGtfReader (objtools / läsare / gtf_reader.hpp). Det nya värdet "eGff3" (22) är för filer avsedda att läsas med CGff3Reader (objtools / läsare / gff3_reader.hpp), och "eGff2" (24) är för filer avsedda att läsas med CGff2Reader (inkluderar / objtools / läsare /gff2_reader.hpp)
• BIO-OBJEKT:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Ny metod för att hjälpa placera sekvenser som importeras från FASTA filer med avståndsspecifikationer i fler sammanhang; insvept av CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (likaledes ny).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Genomföra eller förbättra erkännandet för fler prefix (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, Eaaa-EZZZ, och IAA-IZZ, av vilka motsvarar den nya möjligheten att DDBJ TPA WGS-data) och blandade-i TPA protein anslutningar (mestadels från EMBL, men några från GenBank också).
• Skilj WGS mästare anslutningar med en ny flagga lite. Slappna över strikt PDB igenkänningslogik.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Nya funktioner för att arbeta med klartext sekvens identifierare, räknade ut ur CFastaReader och generaliserad något
• SSeqIdRange - Ny typ (komplett med tolken och on-the-fly & quot; iterator & quot;) för att arbeta med Seq-id områden, som förekommer i vissa FASTA defline källmodifierings
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Eventuellt accepterar anpassade titlar för enstaka sekvenser. Etikett negativt trängs intervall med ledande 'c s.

.
• CFastaReader - Stödja negativt trängsområden och Paljett kompakta defline stil gapet syntax (? & Quot; & gt; N & quot; där N är ett nummer, eller & quot; & gt; unk100 & quot;)
• KOBOLT:
• Inkom kommandoradsalternativet -num_domain_hits som begränsar antalet bevarade domäner per sekvens som används vid beräkning av justerings begränsningar.
• Fylogenetiska träd:
• Inkom högre gränssnittsnivå för beräkning fylogenetiskt träd från sekvensinpass (t.ex. BLAST och kobolt resultat). Klass CPhyTreeCalc beräknar fylogenetiskt träd, och CPhyTreeFormater skriver trädet i Newick och Nexus-format.
• BIO-OBJECT BIBLIOTEK:
• Genomförda CheckNumRows () och andra metoder för glesa inriktningar.
• För att minska minnesanvändning: lagt läst krokar att minska minne som används av anpassningar efter deserialiseringsundantag; Na-strängen använder nu en byte av minne där så är möjligt; Score.value val nu inbäddad i Cscore.
• Capitalize anslutningen CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-Object Manager:
• Lades getter metoder för booleska fält i CTableFieldHandle.
• Lade GetBestGeneForFeat () baserad på CFeatTree.
• Genomfört GetBestOverlappingFeat () på CFeatTree.
• Inkom snabbt Cscope :: GetTaxid ().
• Genomfört bulk lastas för acc / ver, gi, etikett, och taxid.
• Lades noll längd luckor kontrollerar CSeqMap och CSeqVector.
• Genomfört GetLength () och GetCoverage () för obligations platser.
• Förbättringar:
• Inkom hjälpare metod för att fylla CFeatTree på plats.
• påskyndas kartläggning av enkla CSeq_loc_mix platser i CFeat_CI.
• Striktare sortering av funktioner i CFeat_CI att undvika oklarheter.
• CSeq_feat_Handle getters nu arbetar med Seq-bord har också.
• Seq-bordsfunktioner stöder nu flera nivåer användarfält.
• Non Seq-feat Seq-tabeller redovisas nu även om ligger i delad bit.
• påskyndas CBioseq_Handle :: AddId ().
• Optimerad Cscope :: AttachXxx ().
• Stöd uppdelning av namngivna annotation.
• CSeqVector och CSeqVector_CI s CanGetRange () nu returnera false istället för att kasta ett undantag.
• Tillåt att ange hur man ska hantera befintliga handtag i ResetHistory ().
• Optimerad åter föräldraskap om fler funktioner läggs till CFeatTree.
• Inkom möjlighet att felsöka Cscope skapande / radering.
• Många ändringar i C ++ rensningen funktionalitet för att imitera rensningen funktionalitet som redan finns i C. Det finns fortfarande mer arbete att göra med BasicCleanup, men betydande framsteg har gjorts. Lilla arbete har gjorts för ExtendedCleanup som av ännu.
• CSeq_loc_Mapper kan nu initieras med en GC-församlingen.
• Buggfixar:
• Fast kartläggning av mix platser på minussträngen i CFeat_CI.
• Många fixar i sättet CFeatTree länkar funktioner.
• Flera gängsäkerhetsfixar.
• Fast stavfel förhindrar lägga riktas in och grafer till CSeq_annot_EditHandle.
• Skydds mot undantag vid sortering funktioner i CFeat_CI.
• GENBANK DATA LOADER:
• Registrerad HPRD externa anteckningar.
• Inkom tillval exclude_wgs_master param i pubseqos / pubseqos2 läsare.
• Genomfört bulk lastas för acc / ver, gi, etikett, och taxid.
• Lade CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Förbättring:
• Använd bulk lastning förfrågningar i Cscope :: GetBioseqHandles ().
• Separata läsare Statistiken efter typ av laddade blobbar.
• Inkom tidsstämpel till GenBank debug-meddelanden.
• Använd IConnValidator för att öppna PubSeqOS anslutningar.
• Inkom split-version till chunk önskemål och chunk nycklarna i GenBank cache för att undvika att använda felaktiga bitar när blob split tillståndet ändras i ID.
• Lades sekundära mindre förvirrande param namn för öppen timeout.
• Ta multiplicera inte igen räkna med antalet anslutningar.
• Object Manager TEST OCH DEMO APPLIKATIONER:
• id2_fetch_simple -. Läggas -id alternativ för godtyckliga Seq-id
• test_bulkinfo -. Nytt test ansökan
• FASTA:
• C ++ funktionen bord-funktioner har gjorts mer funktionell såsom del av Bankit projektet.
• asn2flat verktyg
• Stort antal ändringar Platt formate att få den mycket närmare att släppa färdig tillstånd (eventuellt släppa redo vid denna punkt, även om vissa mindre frågor återstår).
• XMLWRAPP:
• Fast segmente fel vid att ta en hänvisning till XPath uttryck kör resultat.
• Inkom medhjälpare för att få offentliga ID, system-ID och DTD namn för externa och interna delmängder.
• Lades metoder för att slå upp nod attribut.
• Fast utförande av XPath-uttryck:. Det nu startar från den givna noden
• Fast söker attribut (inklusive standard) när ett namnutrymme tillhandahålls.
• Lade förmåga att köra XPath uttryck utan nödvändigheten att registrera namnområden explicit.
• Lade förmåga att tillhandahålla behållare för insamling av fel och varningar vid tolkning dokument.
• Lade möjlighet att ändra värden och namnutrymmen för nodens förvalda attribut.
• Lade förmåga att testa om ett attribut är standard.
• Lade förmåga att sätta in eller ta bort attribut samtidigt som hänsyn tas till deras namnrymder.
• Lade förmåga att skala XML-deklaration när ett dokument sparas.
• WindowMasker:
• Lade till en ny inmatningsformat, & quot; seqids & quot ;; med denna ingång format, är ingångs en fil som innehåller en sekvens id på varje rad, och algoritmen använder Bio-Object Manager för att leta upp de sekvenser.
• Lade till en ny klass CWinMaskConfig, för lagring av alla konfigurationsparametrar WindowMasker. Klassen kan användas för att lägga de nödvändiga kommandoradsargument till CArgDescriptions, och sedan få konfigurationsparametrarna från kommandoradsargument.
• BUILD RAM (UNIX):
• Tolka kommandoradsverktyg specifikationer APP_PROJ eller LIB_PROJ som en kö för att rensa ut andra * _PROJ inställningarna inte även tillhandahålls där. (Kräver GNU Gör;. Bygger med Sun gör fortsätta att arbeta som tidigare)
• Supply fler mål i underkataloger:. * _F (Med hjälp av lokala platta makefiler producerade på begäran, ignorera beroenden av andra delar av trädet), * _fd (inslag den översta nivån Makefile.flat), clean_sources och purge_sources
• Konfigurera och dess bekvämlighet skript (kompilatorer / Unix / * sh.):
• Anmärkningsvärt ny flagga --without-3psw -. Att inte använda med någon 3: e parts programvara
• Inkom en check på GLEW.
• Förbättrade kontroller för Boost och OpenGL.
• Stöd specificerar köra banor på Darwin (Mac) system med moderna verktygskedjor.
• BLAST:
• På Darwin (Mac OS X), bygga bara för Intel-processorer, även i annars universella bygger på grund av en PowerPC verktygskedjan begränsning.
• Utökat stöd för att hämta NCBI Taxonomi ID som WindowMasker support finns tillgänglig.
• Tillåt specifikationen av en frågesekvens tillsammans med flera sekvensinpass fil i psiblast.
• Inkom databas hårt maskerings support.
• Inkom databas soft-maskering för översatta sökningar.
• Stöd för btop (BLAST återsökningsoperationer) och fråga och motivet längd i tabellrapporten.
• Kommando-line applikationer - tillåta psiblast att söka flera frågor, tillade tillval -input_type för makeblastdb
• Tillåt användning av bästa hit och XML i blast2sequences läge.
• Förbättrad formatering prestanda för fjärr sökningar.
• makembindex kan nu bygga maskerad Megablast index direkt från en BLAST nukleotid databas med maskerings information lagrad i BLAST databasen. Detta åstadkoms genom ny kommandorad alternativ -db_mask att makembindex. Alternativet accepterar heltalet id för filtreringsalgoritm som stöds av BLAST-databasen. Alternativet kan endast tillämpas i samband med -iformat blastdb.
• För att hjälpa en användare att ta reda på de numeriska ids av filtreringsalgoritmer som stöds av en BLAST databas, är sjunka -show_filters introduceras. Tillämpa flaggan med -iformat blastdb och BLAST databas som en ingång orsakar makembindex att mata en lista över tillgängliga filtreringsalgoritmer och avsluta.
• APPLIKATIONER NetCache:
• NetCache är omarbetat för att innehålla följande:
• bättre hantering av diskutrymme,
• låsning mindre arbete med blobbar är versionshantering används istället;
• multi-port lyssna och per-klient-inställningar differentiering.
• NetCache och ICache API:
• Använd uint8 allt för klump storlek.
• Tillåt partiell blob hämtning.
• Införd blob lösenordsskydd; tomma lösenord behandlas som inget lösenord.
• Worker nod API:
• Ny parameter för avslutning arbetstagaren oden om dess minnesförbrukning överskrider den angivna gränsen (parameter & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Ny parameter för avslutning arbetstagaren oden om dess körtid överskrider den angivna gränsen (parameter & quot; total_time_limit & quot;)
.
• GRID APPLIKATIONER:
• netscheduled
• Fixat en bugg som orsakade inget svar på kommandot skön radering.
• remote_app
• Ny konfigurationsparameter (& quot; tmp_dir & quot;). För att styra hur tillfällig katalog namnet genereras - för att minska sin längd
• Logga blob skrivfel.
• netcache_control
• Tillåt partiell blob hämtning.
• Ny kommando -remove att radera blobbar som deras ID.
• Ny parameter -auth att ange autentiseringssträng att använda.
• Nya kommandon -reconf och -reinit för användning av NetCache administratörer.
• netschedule_control
• Aktiverat kompatibilitetsläge för att göra netschedule_control arbete med äldre arbetar noder.
• cgi2rcgi.cgi
• Skapa inte en tom NetCache klump som platshållare för de framsteg meddelandet.
• Logga Grid fel som rapporteras till användaren.
• Tillåt utrymmen i jobbet ID parametern.
• Stöd utgång av information jobbstatus i JSON-format.
• Tillåt anpassade HTML-mallar som ska definieras för GRID fel och andra evenemang.
• Inkom inga-cache HTTP-huvuden för att undvika cachning av delresultat.
• ncfetch.cgi
• Ny parameter för att komma åt lösenordsskyddade blobbar.
• Tolka extra parameter & quot; filnamn & quot; som ett filnamn för den nedladdade filen.

Vad är nytt i version 31 dec 2008:

• Den här utgåvan innehåller en metod för att beräkna kolumnspecifika pseudocounts i PSI-BLAST.
• Det refactors rutnätstjänster biblioteket.
• Det tillför ram och enhetstest felloggning för alla File API klasser.
• Det fixar pthread support på IRIX. Det ökar stödet för XML serialisering.
• Det fixar stöd för Sybase.
• Det lägger till stöd för mindre uppslagstabeller för små frågor.
• Det ger ett API för att hämta GenBank lastarstatistik.
• Det har diverse andra förbättringar, uppsnabbningar och buggfixar.