Bäst Bioinformatik För Linux
Genepidgin är en svit av Python verktyg som hjälper till att utvärdering och tilldelning gen produktnamn & nbsp; Det finns tre huvudsakliga komponenter.:genepidgin * renare *& Nbsp; standardiserar gen namn per UniProt riktlinjer namngivninggenepidgin *...
STEG är ett paket för exakt stokastisk simulering av reaktion-diffusion system i godtyckligt komplexa 3D geometrier. Vår kärn simulering algoritm är en implementering av Gillespies SSA, utvidgas för att hantera diffusion av molekyler över elementen i en...
TRMiner är en Python verktyg som syftar till att vetenskapliga data curatorer. & Nbsp; Det gör att snabbt beskära stora samlingar av vetenskapliga publikationer till meningar som är relevanta för en viss gruv mål.Detta uppnås i två steg. Först texter...
Bioinformatics Benchmark System är ett försök att bygga en rimlig ram tester, tester och data, för att göra det möjligt för slutanvändare och leverantörer för att undersöka prestanda i sina system.Vad vi försöker göra är att skapa ett ramverk för att...
Staden Package är en fullt utvecklad uppsättning av DNA-sekvens montering (Gap4), redigering och analysverktyg (Spin) för Unix, Linux, MacOS X och MS Windows.På Gap4 fronten har det förekommit flera mindre förbinder tillhörandeförbättringar i hur det får...
AREM är en baserad på MACS (Modellbaserad analys för Chip-Seq data).Hög kapacitet sekvensering kopplad till kromatin immun nederbörd (Chip-Seq) används ofta i att karakterisera genomet hela bindningsmönster transkriptionsfaktorer, kofaktorer, kromatin...
seriesoftubes är en utökad pipeline för Solexa Chip-seq uppgifter.Paket Dokumentation
Krav :
...
MetagenomeDB är en Python-bibliotek för att enkelt lagra, hämta och kommentera metagenomic sekvenser. & Nbsp; MetagenomeDB fungera som ett abstraktionslager ovanpå en MongoDB databas. Det ger ett API för att skapa och ändra och koppla två typer av objekt,...
Seal är en Python-modul som ger sekvensinpass på Hadoop.Seal är en av MapReduce ansökan om biologisk sekvensinpass. Den körs på Hadoop (http://hadoop.apache.org) genom Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), ett Python MapReduce och HDFS API för Hadoop. ...
MISO (Blandning av Isoformer) är en probabilistisk ram skriven i Python som kvantifierar uttrycket nivån & nbsp; av alternativt splitsade gener från RNA-Seq data och identifierar differentiellt reglerade isoformer eller exoner över prover.Genom att...
