CLC Main Workbench

Detta 4-veckors fullt fungerande demo av CLC kombinerade Workbench aggregat all DNA sekvensanalys av CLC Gene Workbench och alla proteinsekvensanalys av CLC Protein Workbench. Alla analyser är helt integrerade i ett enda, användarvänligt och intuitivt program

Vad är nytt i den här versionen.

Förbättringar

• Uppdaterad restriktionsenzymlistan från Rebase. & nbsp;

• Fixat ett problem med rinnande BLAST på MacOS Sierra
• Uppdaterad pfam länkar. & nbsp; rapporteras av Pfam Domain Search verktyg
• Fixat ett problem infördes. & nbsp;. CLC Huvud Workbench 7.7.2 där enzymer i alfabetisk ordning efter RdeGBI saknades metylering information
• Olika mindre buggfixar

Vad är nytt i version 7.7.2:

arbetsflöden

• Workflow utgångar kan nu konfigureras så att undermappar att innehålla utgångarna skapas.
• Nya platshållare är tillgängliga när definierar namnen på arbetsflödes utgångar: {användar} {värd}, och för delar av tidsstämpeln för den utgående objektet {år} {månad} {dag} {timme} {minut} {andra}.
• platshållare inom arbetsflöde utgångs namn som tidigare bara som siffror kan nu anges med skriftliga namn: {namn} är en synonym för {1} och {input} är en synonymer för {2}
.
• 
  

  Vid användning av {2} platshållare för anpassade namngivning i arbetsflödet utgångselement, endast olåsta ingångar kommer att ingå i den genererade namn.

  
  
• 
  

  I den genererade pdf visar alla konfigurerade parametrar för ett arbetsflöde, poster för parametrar som är ansluten till ett verktyg eller en ingångselementet nu lista namnen på de definierande element. Tidigare parameter listor för sådana element lämnades tom.

  
  
• 
  

  Om en verktygsnamn har ändrats i ett arbetsflöde är det ursprungliga namnet nu ingår tillsammans med ändrade namn vid export arbetsflödes parametrar.

• 
  

  Historien vy av dataelement som skapats med ett arbetsflöde innehåller nu information om arbetsflödet som skapade dem.

  
  
• ordning verktygen i arbetsflödet "Lägg Element" -menyn matchar nu ordningen i Workbench menyn Verktyg.
• Förbättrad arbetsflöde validering för att hjälpa användaren att identifiera ingångar som kommer att ignoreras på grund av konfigurationen av de arbetsflödeselement.

& nbsp;

& nbsp;

• Snabbstart verktyg finns nu under menyn Verktyg i stället för menyn Visa och en knapp som heter Starta som tar upp detta verktyg har lagts till i verktygsfältet.

• Analyser kan nu lanseras på dataelement som anges i tabellen i en lokal sökning resultat genom att välja de delar av intresse, högerklicka med musen och navigera genom menyn som visas.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• & nbsp; A & nbsp;. "Ta bort Association (s)" alternativet för att ta bort metadata föreningar från utvalda dataelement har lagts synd Metadata Elements utsikten i en högerklicka snabbmenyn

• I Metadata Hitta Associated Data visa den är nu också möjligt att använda Sök i navigeringsområdet när flera rader är markerade.

  
  
• När du importerar metadata från ett kalkylblad med formler i det, resultatet av utvärderingen av formeln (som visas i Excel) är nu importeras snarare än själva formeln.

& nbsp;

• Alla NCBI server-kommunikation är nu krypterat. (NCBI kommer att flytta alla webbtjänster till HTTPS-protokollet den 30 september 2016). & Nbsp;

  
  

• Listan av enzymer förinstallerade i arbetsbänken. & Nbsp; har uppdaterats från Rebase

  
  

• Alternativet "är inte i listan" har införts som en ny tabell filteralternativ.

  
  

• Läs gruppdetalj visas nu på elementet Info tanke på sekvenslistor.

  
  

• GenBank import nu också möjliggör filnamn med "GBFF" förlängning.

  
  

• "Sort mapp" verktyg använder nu numerisk sortering för filnamn inleds med ett nummer.

• Nya platshållare är tillgängliga när definierar namnen på export utgångar: & nbsp; {Användare} & nbsp; {värd} och för delar av tidsstämpeln för den utgående objektet {år} & nbsp; {månad} & nbsp; {dag} & nbsp; {timme, & nbsp; {minut} & nbsp; . {sekund} & nbsp;
• platshållare inom exportutgångs namn som tidigare bara som siffror kan nu anges med skriftliga namn: {ingång} är en synonym för {1} {förlängning} är en synonym för {2} och {räknare} är en synonym för {3}.

Vad är nytt i version 7.7.1:

• Ett problem som uppstod när de utför arbetsflöden med flera ingångar i partiet, där ändringar i fördefinierade fasta ingångar anges under startprocessen har inte tillämpats.
• Fixat ett problem där verktyget Motif Sök rapporterade alla matchnoggrannheter som antingen 0% eller 100% felaktigt.
• Fixat ett problem där sortering en mapp och samtidigt spara in det kan utlösa ett fel.
• Fixade en bugg i batch dialogrutan läge som skulle leda till ett fel när problem relaterade till den underliggande filen eller data plats uppstod.

Vad är nytt i version 7.7:

Importera metadata - grundläggande och lätt metadata import. Detta verktyg kompletterar de verktyg som finns i Metadata Table Editor.

Vad är nytt i version 7.6.4:

• Fixade en bugg när sökningen för sekvenser på NCB verktyg skulle misslyckas med att ladda ner nukleotidsekvenser med felmeddelandet "Följande sekvenser inte hämtas på rätt sätt.
• Fixat ett problem med BLAST vid NCBI steg i Skapa Protein rapport verktyg.
• nbsp Fixat ett problem som leder till ett fel under VCF export där de inblandade hade ursprungligen importerats från VCF-filer data och värdena i QUAL fältet var heltal &;.
• Export av floating-point (decimala) tal till RKF & nbsp; format var tidigare beroende på den angivna locale. Detta har rättats så att & nbsp; decimal. & Nbsp; nu alltid är en punkt
• När du gör automatisk sammanslutning av metadata, visar loggen nu som metadata rader inte var förknippade med några data.
• Fixade en bugg som hindrade metadata manuell information som skall nås inifrån Workbench.
• Fixat ett fel där att göra automatisk association med hjälp av en metadatatabell lagrad på en CLC Server skulle misslyckas.
• Automatisk sammanslutning av metadata hanterar nu sammanslutning som bygger på ett prefix av datanamn snarare och exakt matchning till hela datanamnet.
• En metadatatabell inte längre behöver en nyckelkolumn för sina rader manuellt i samband med dataelement.
• Ett alternativ för att åsidosätta metadata roller tidigare synliga i konfigurationen av Workflow utgångar togs bort.
• Felet händer när en Workbench Data Plats pekade på en fil på systemet i stället för en mapp. Det kommer nu att visas som otillgänglig i Workbench Navigation området.
• Aktiverad verktygstips för alla parametrar när man konfigurerar och utför arbetsflöden.
• Inloggningsprocessen från en Workbench till en CLC Server måste nu klar innan du öppnar en clc url börjar.
• Åtgärda ett problem på Mac där Workbench inte erkändes som en anpassad protokollhanteraren för CLC. // Webbadresser
• Löst en sällsynt förekommande undantag som kan utlösas genom att växla redaktör vy med ett dubbelklick.

Vad är nytt i version 7.6.3:

Nya funktioner och förbättringar

• Dosering på utvalda delar är nu möjligt: ​​det brukade vara begränsad till utvalda mappar
.
• Man kan nu välja "EST" som databas när du använder Sök efter sekvenser vid NCBI verktyg.
• Hierarkisk Kluster av prov verktyg kan nu köras som en del av arbetsflöden och på servern.
• Bättre minneshantering vid hantering av stora rapportelement.
• Verktygstips på bladen av fylogenetiska träd nu visa en beskrivning av den bifogade sekvensen.
• Siffror inte längre bifogas till namnen på Workflow element när du skapar en kopia av ett arbetsflöde med hjälp av "Open Kopia av Workflow".
• Metadata Management. Håll koll på indatafiler och importera metainformation för dina prover.

Buggfixar

• Fixat ett sällsynt förekommande problem där Workbench skulle visa ett felmeddelande när du installerar en 3: e parts licensierade plugin.
• Fixat ett problem där välja en post i en Blast resultattabell kan markera fel inriktning i Blast redigeraren om tabellen hade filtrerats eller sortering.
• Fixat ett problem där du klickar på en anteckning i Design Primers redaktör kan ge upphov till ett felmeddelande.
• Fixat ett problem där kommentarer som sträckte ändarna av en cirkulär sekvens skulle vara felaktigt placeras i cirkulär sekvens View.
• Fixade en bugg som orsakade arbetsbänken för att frysa om vissa sekvenser visas i cirkulär vy med radiella rendering av etiketter.
• Fast exporterade rapporter har fel författare i vissa situationer.
• Fixat ett problem där Skapa Box Plot och Principal Component Analysis kunde ibland köras med illegala argument, vilket leder till ett felmeddelande.
• Resultatet av den omvända komplementet Sequence verktyget blir nu suffixet -RC i anslutning till namnet på ingången i stället för -1 tidigare.
• Fixat en bugg i tippa sekundära strukturen verktyget när alternativet att beräkna partitionsfunktionen valdes för långa molekyler (& gt; 1000 nukleotider).
• Fixat ett problem där man inte kunde zooma in efter zooma ut helt på mycket stora arbetsflöden.
• Ett problem som förhindrade en rotmapp i Windows enheter från att användas som en Filplats.
• Fixat ett problem där uppdaterar en befintlig installation på Windows skulle resultera i .vmoptions fil tas bort, vilket gör Workbench kör med standard Java-konfiguration.

Vad är nytt i version 7.6.2:

• Inkom ett arbete kring en java fråga som ibland lett till Workbench visar en intetsägande fel och kräver en omstart för att fortsätta arbeta.
• Fixat ett problem med rinnande BLAST vid NCBI där en NCBI-genererad om deras användning gräns CPU överskrids inte redovisas öppet och ett resultat av "inga träffar" var rapporteras i stället.
• En fix applicerades för att undvika ett undantag i de fall då sanering av nedladdade filer från BLAST misslyckades.
• Omvänd Översätt verktyget ignoreras någon genetisk kod som anges i kodon frekvenstabeller. All omvänd översättning skulle således som standard standard genetiska koden.
• När du installerar ett arbetsflöde med medföljande data är det inte längre möjligt att välja en skrivskyddad mapp för lagring av data.
• Fast fel visning av "format som stöds" vid export element från antingen mappredigeraren eller lokal sökning Editor.
• Fix potentiella fel fil sparas när du redigerar en fil hittas via den lokala Sökredigerare.
• Tomter inne rapporter visas nu med sina sparade inställningar sidopanelen.
• Fast sparar olika linjefärger i tomter genom sidopanelen.
• Side panel möjlighet att visa legender för en tomt med mer än 10 prover har nu aktiverats.
• Ett problem som ledde till ett fel vid rendering tomter för tomma datamängder.
• Fixat ett problem där "Töm papperskorgen" alternativet var ibland felaktigt tillgänglig.

Vad är nytt i version 7.6.1:

• GTF exportören är nu tillgänglig för huvud Workbench.
• transkriptomik experiment och prov tabeller kan nu sorteras, även med ett stort antal rader.
• Förbättrad Excel, HTML och tabbavgränsad export av varianter (Välj endast kommentar / kolumner du behöver).

• Felet påverkar "Klipp sekvens Före / Efter Selection" verktyg i Kloning editorn.
• Fixat fel där en vänsterklicka snabbt följt av högerklicka tolkades som att dubbelklicka på OS X (i de fortsatta sökresultat lista i verktygslådan träd, och i arbetsflödet redaktör).

Vad är nytt i version 7.6:

• Spår:
  • Konsekvent ut när berikande variant spår och antecknings spår med extra tabellkolumner. Utgångs låtar från dessa verktyg har nu samma antal tillsatta tabellkolumner och kolumner kommer alltid att vara i samma ordning. Tidigare, om en extra kolumn hade tomma värden för alla variant rader, skulle det ha tagits bort från finalbordet, vilket resulterar i varierande antal och inbördes ordning ytterligare kolumner när flera prover bearbetades med samma verktyg / arbetsflöden. Alla kolumner behålls nu underlättar nedströms bearbetning av exporterade tabeller, och ger omedelbar visuell referens om vilken anrikning / anteckningsverktyg har använts, även om de inte ger några resultat för ett visst prov.
  • Bord för variant spår och antecknings spår kan nu sortera och filtrera kolumner med celler som innehåller flera nummer.
  • Förbättrad spårvisningsprogram för variant spår att visa sekvensförändring på den renderade varianten.
  • Graph spår visar nu negativa värden fylls uppåt till y = 0 (som väntat).
  • Ökad decimaler för tal vid export bord till CSV, tabbavgränsad text och Excel.
  • Förbättrad rapportering av fel i samband med låg diskutrymme.
  
  

Vad är nytt i version 7.5.1:

• Det är nu möjligt att köra ett arbetsflöde utan en valfri ingång.
• AAC verktyget inte kommentera varianter i 3 'UTR med deras förändring DNA-nivå med hjälp av lastbilar c.xxx format. Detta påverkar någon analys göras med Gx 7,5 eller tidigare baserat på Ensembl CDS spår från äldre versons. AAC analys bör göras om med hjälp av Gx 7.5.1 för korrekt anteckning.
• Pfam filtrering buggen. Tidigare Pfam redovisas endast den första domänen av varje typ i en fråga och som en följd många domäner missas. Vi rekommenderar att användare vars forskning beror på Pfam kommentarer åter köra verktyget på deras uppgifter.
• Fixade en bugg i "Maximum Likelihood Phylogeny" verktyg som misslyckades vid generering bootstrap värden för vissa ingångs inriktningar.
• Fixat problem med att bläddra till relevanta filer när du väljer objekt som parametrar i verktygs guider.
• Blast text resultat har förbättrats så att de visar rätt fråga och subjektspositioner oavsett sträng.
• Fixat ett problem som hindrade BLAST operationer när man väljer att köra dessa på CLC Server.
• Det är nu möjligt att köra ett arbetsflöde utan en valfri ingång.