MacMolPlt

MacMolPlt är ett kemi visualiseringsverktyg som kan användas för att bygga molekyler med en integrerad grafisk modellbyggare, skapa indatafiler för GAMESS beräkningskemi program och sedan visualisera resultaten av beräkningskemi körningar. Funktioner inkluderar en högkvalitativ 3D, animationer av normala lägen och reaktionssekvenser och utgång till en mängd olika format, inklusive bilder av hög kvalitet och QuickTime och Flash-filmer.

• Input använder:
• MolPlt filformat utstansade från GAMESS
• genom att klistra i rätvinkliga koordinater från någon GAMESS eller Gaussisk loggfil
• någon GAMESS ingång, logga eller irc-fil
• Xmol stil XYZ-fil
• Molden format
• Protein Data Bank (PDB ) fil
• Kemisk Markup Language (KML) filer
• Bygga grafiskt med en interaktiv molekyl editor
• Bygga för hand med kartesiskt eller Z-Matrix stil interna koordinater
• 3D-visning av struktur och normalläge
• Animation av Normal lägen.
• 3D realtid rotation och translation under kontroll mus
• Beräkning av någon Z-matris parametern
• Visuellt åtgärd / display avstånd, vinklar och tvåplansvinklar.
• Automatisk skapande av linjära minsta Motion (LLM) vägar
• 2D och 3D beräkning och visning av:
• molekylorbitaler (AO: s, MO: s, eller LMO s)
• Total elektrontäthet
• densitetsskillnader
• Molekylär Elektro Potentials (MEPMaps)
• Grundläggande indatafil generator för GAMESS
• OpenGL används för högkvalitativ 3D-rendering
• Stöd för molekylär symmetri
• Generera symmetri beroende atomer
• Fast symmetri unika atomer
• Automatiskt bestämma listan över stödda punktgrupper för en uppsättning koordinater.
• Rotera koordinater i rätt principen orientering
• Display symmetri operatörer för många punktgrupper
• Publikationsutskriftskvalitet (färg eller svartvitt) via direktutskrift eller kopiera och klistra in i ett annat program.
• Utdata i en mängd olika former, inklusive Windows bitmapp, JPEG, PNG, KML, XMol XYZ, MDL molfile, POV-Ray, Flash-filmer och QuickTime-filmer.

Vad är nytt i den här versionen:

Flera förbättringar har gjorts till visningskoden. Alternativ har lagts till 3D Pane av prefernces för smidig skuggning med och utan skuggor.
Inkom rudimentära stöd för Mopac filer.
Inkom alternativet att växla synlighet ab initio, MM, och EFP atomer.
Förbättrat stöd för Model Kärn Potentials.
Lade till en krok i inmatnings byggare för det nya GAMESSQ programmet.
Förbättrad PBF arkivera parser.