RAPTOR

RAPTOR är en innovativ programvara som utformats för exakt proteinstruktur prediktion. Den kombinerar avancerade analysverktyg i en integrerad programvarulösning och ger tre olika gängmetoder. RAPTOR unika heltalsprogrammering optimering tillvägagångssätt är mest effektivt för att hitta struktur mallar för mål med låg sekvenshomologi och kan generera hög kvalitet modeller. Det är lätt att använda gränssnittet och lätt att förstå E-värdena är perfekt för nybörjare och experter. Framför allt den intuitiva visning av produktionen gör att användarna kan förstå resultaten helt enkelt med ett ögonkast. Givet ett målprotein sekvens, om det finns ett homologt protein med känd 3D-struktur, det kan hittas genom att använda sekvens sökverktyg som PSI-BLAST, också i RAPTOR. Målet struktur byggs sedan från den kända strukturen; men när sekvenshomologin inte är betydande, det vill säga mindre än 25%, kan PSI-BLAST inte komma upp med en säker hit. Till skillnad från PSI-BLAST, som helt enkelt gör en sekvens sökning, protein gäng, vik erkännande, använder sig av både homologi och strukturera information. Den skannar proteinsekvensen med en okänd struktur mot en databas med kända strukturer. Genom att använda en poängfunktion och utföra analyser kompatibilitet mellan tredimensionella strukturer och linjära proteinsekvenser, kommer den bästa strukturella mall identifieras från att bygga sekvensen struktur. Som ett resultat ger protein gäng en överlägsen förutsägelse än homologimodellering när det är marginell sekvenshomologi

​​ Begränsningar .

Begränsad funktionalitet