BioJava

Det ger analytiska och statistiska rutiner, tolkar för vanliga filformat och tillåter manipulering av sekvenserna och 3D-strukturer.

BioJava är ett verktyg för att utforska Java möjligheter i bioinformatik världen

Vad är nytt i den här versionen.

• Konsekvent felloggning. SLF4J används för loggning och ger adaptrar för alla större avverknings implementationer.
• Förbättrad hantering av undantag.
• Borttagna föråldrade metoder.
• Utökade BioJava handledning.
• Uppdaterad beroenden i förekommande fall.
• Finns på Maven Central.

Vad är nytt i version 4.0.0:

• Konsekvent felloggning. SLF4J används för loggning och ger adaptrar för alla större avverknings implementationer.
• Förbättrad hantering av undantag.
• Borttagna föråldrade metoder.
• Utökade BioJava handledning.
• Uppdaterad beroenden i förekommande fall.
• Finns på Maven Central.

Vad är nytt i version 3.1.0:

• Nya funktioner:
• CE-CP version 1.4, med ytterligare parametrar
• Uppdatera till Scope 2.04
• Förbättringar i FASTQ pars
• Fix buggar i det preliminära budgetförslaget pars
• Mindre fixar i struktur anpassningar

Vad är nytt i version 3.0.8:

• Ny:
• Genbank författare
• Parser för Karyotype fil från UCSC
• Parser för Gene platser från UCSC
• Parser för Gene filnamn från genenames.org
• Modul för Cox regression kod för överlevnadsanalys
• Beräkning av tillgänglig yta (ASA)
• Modul för att analysera .OBO filer (ontologier)
• Förbättrad:
• representation SCOP och Berkeley-SCOP klassificeringar

Vad är nytt i version 3.0.7:

• Lade till en grundläggande genbank parser
.
• Fixat ett problem vid omräkning kodoner med N.
• Nu kan sluta obligationer i proteinstrukturer.
• Extra stöd för att tolka mmcif poster för organismen och uttryckssystem.
• Många små buggfixar och förbättringar.

Vad är nytt i version 3.0.6:

• Utveckling flyttade till GitHub på: https: // github.com/biojava/biojava

Vad är nytt i version 3.0.5:.

• Ny parser för CATH klassificering
• Ny parser Stockholm filformat.
• Väsentligt förbättrad representation av biologiska församlingar proteinstrukturer. Nu kan återskapa biologisk enheten från asymmetrisk enhet.
• Flera buggfixar.

Vad är nytt i version 3.0.4:

• Detta är främst en buggfix frigör behandlar frågor i proteinstrukturen och sjukdom moduler.
• En nyhet. SCOP uppgifter kan nu antingen nås från den ursprungliga SCOP plats i Storbritannien eller Berkeley version

Vad är nytt i version 3.0.3:

• Betydande förbättringar av webbservicemodulen (NCBI blast och hmmer webbtjänster).
• & quot; Nytt & quot; fastq parser (portas från biojava en serie till version 3).
• Stöd för sållar-PDB till UniProt kartläggning.
• Protmod modul bytt namn till modfinder.

Vad är nytt i version 3.0.2:

• protein-struktur: Förbättrad hantering av proteindomäner: Nu stöder SCOP. Ny funktionalitet för automatisk förutsägelse av proteindomäner, baserat på Protein Domain Parser.
• Mindre förbättringar och buggfixar i flera andra moduler.
• biojava3-aa-prop: Den nya modulen möjliggör beräkning av fysikalisk kemiska och andra egenskaper hos proteinsekvenser
.
• biojava3-protein-sjukdom: En ny modul för att förutsäga störda regioner i proteiner. Det grundar sig på en Java-implementering av ronn prediktorn.

Vad är nytt i version 3.0.1:

• The 3.0.1 frigivning främst buggfix övergång till den nya 3.0 släpptes som gav en stor omskrivning av biojava kodbas.

Krav :

• Java 1.6 eller högre