Cell Elektrosimuleringsmiljö (CESE) är ett omfattande ramverk särskilt utformade för att utföra beräkningselektro simuleringar, till exempel, simuleringar av hjärt myocyt elektriska aktivitet.
Cell Elektrosimuleringsmiljö är användbar för simuleringar av aktionspotentialer, enskilda jonströmmar, och förändringar i joniska koncentrationer.
CESE är ett plattformsoberoende program, det körs på alla system som har Java Runtime Environment (JRE) version 1.4 eller högre. Det testades på Windows, Linux, Solaris, MacOS X och AIX.
CESE användare
CESE är en integrerad miljö för att utföra beräknings simuleringar med hjälp av olika elektrofysiologiska modeller.
I detta skede CESE möjliggör skapande och genomförande av de encelliga modeller (som innehåller både Hodgkin-Huxley (HH) och Markovian nuvarande formuleringar). Modeller av elektriska aktiviteten i hjärtmuskelceller med källkod ingår i CESE fördelningen. Vi hoppas att utöka antalet tillgängliga modeller och lägga vissa neuronala modeller i framtiden.
Den främsta styrka CESE är i sin likformighet & # 65533; ett programgränssnitt förblir detsamma för olika typer av modeller. Du kan enkelt växla mellan olika modeller och jämföra simulerings utgångar. Modellparametrar kan modifieras, ut för utmatning och / eller fastspänt i samma, standardiserat sätt.
CESE förlänger konventionella elektroinnebörden av "spänningsklämman". Du kan klämma nästan alla modeller variabel inklusive spänning (membranpotential), helt eller enskilda jonströmmar, jonkoncentrationer, temperatur, grind variabler, etc. Kläm kommandon kan vara komplicerade styckvis funktioner, individuellt uppsatta för modellen variabeln av intresse . Detta öppnar oändliga möjligheter för utforskning av komplex modell beteende.
CESE erbjuder enkla, men effektiva datavisualiseringar. Simulerings resultat kan presenteras i grafisk och tabell former. Tomter kan anpassas, och områden av intresse zoomas.
Trots CESE inte var avsedd att vara en dataanalys verktyg kan du skapa strömspänningsförhållanden (I-Vs) och beräkna statistiska parametrar för en given signal inom programmet. Du kan exportera dina data till ASCII, till Axon textfil (ATF), och netCDF format fortsätta analysen i din favorit paket.
CESE utvecklare
CESE skapades från grunden för att införliva de bästa programmeringsmetoder tillgängliga för Java-utvecklare, både vad gäller användargränssnittet konsekvens och kod klarhet och återanvändning. När det är möjligt, CESE lita på tillgängliga Java API: er (till exempel Java2D, Javabeans, JAXP) för att förenkla koden.
Modell skapande kräver ett antal hus bevarande funktioner som skall kodas och # 65533; dessa inkluderar ODE integratörer, rutiner för hantering av modellparametrar, spara / återställa modell stat, visualisera simuleringsresultat, etc. CESE ger dig genomförande av dessa rutiner, alltså, du kan koncentrera dig på att skriva koden för betong jonström (s), och CESE tar hand om resten.
CESE inte försöker skapa komplicerade programmeringsramverk på eget & # 65533; snarare, använder det centrala Java API: er. Till exempel, modeller är Java komponenter som överensstämmer med Javabeans specifikationen. Vi använder XML för att ange kläm kommandon, och Java-objekt serialisering att spara / återställa modellparametrar.
Vad är nytt i den här versionen:
Kommentarer hittades inte