GAMGI

GAMGI är ett open source och helt gratis mjukvaruprojekt utformat från grunden för att användas för att skapa och analysera atomstrukturer. Den har ett grafiskt användargränssnitt som är enkelt, rent, lätt att använda och kraftfullt.

Programmet stöder ett brett spektrum av atomstrukturer, såsom kristaller, molekyler, vätskor och glasögon. Den stöder även de 230 kristallografiska rymdgrupperna och kan användas för att utföra 3D Voronoi-analys och punktsymmetri.

GAMGI stöder många objekttyper, inklusive text, orbital, bindning, atom, riktning, plan, grupp, molekyl, kluster, cell, pil, form, graf, montering, ljus, lager och fönster. Dessutom erbjuder programmet maximal kontroll över objekt med låg nivå som atomer.

Bland andra funktioner kan vi nämna möjligheten att bygga RCP-strukturer (Random Close Packing), kristaller för varje rymdgrupp av symmetri, samt samordningspolyeder och Voronoi för slumpmässiga strukturer. Det kan också bestämma vilken punktgrupp symmetrin som helst.

Levereras med omfattande dokumentation

En annan intressant egenskap är möjligheten att utföra handlingar i en lista med objekt eller ett enda objekt som tidigare har markerats. Den levereras med omfattande dokumentation och atomdata, inklusive isotopdata och jonisk radie. Dessutom kan mjukvaran manipulera en stor mängd oberoende fönster, lampor, inklusive spot, riktning och position, lager med olika visibiliteter, referenser, visningsportar eller projektioner, samt 3D-textfonter som kan antingen sträckas eller strängsprutas.

GAMGI-ansökan kan också användas i skolor och universitet för att undervisa atomens struktur. Det är det perfekta verktyget för forskarna som arbetar i atomistisk modellering, liksom för dem som behöver en öppen källkodsapplikation för att studera atomstrukturer och förbereda bilder för sina presentationer.

Vad är nytt i den här utgåvan:

• Uppdaterad hjälp-> Konfigurera filer för objekt i ljus och atom.
• Synced gamgi-g och gamgi-x trees.
• Uppdaterad gamgi_expat_import_object: Importera cellobjektdata till XML-filer med de nya config-reglerna ska fungera bra.
• Uppdaterat gamgi_expat_export_object: Exportera cellobjektdata till XML-filer med de nya config-reglerna fungerar nu bra.
• I Cell- & gt; Skapa och Cell-> Ändra, uppdateras ursprungsvektorer och axelvektorer automatiskt för standardalternativ (konventionella eller primitive) när modell ändras.
• Byt cell> gränser = FALSE med cell-> gränser = GAMGI_PHYS_NONE, i motor-, gtk-, expat- och mesa-kod.
• Uppdaterad gamgi_expat_export_config: exporterar cellkonfigurationsdata till XML-filer fungerar nu bra
• Uppdaterad gamgi_expat_import_config: Importera Cellkonfigureringsdata från XML-filer fungerar nu bra
• Förbättrade dialogrutan Cell- & gt; Config, för att hantera även standardvärden för modell, gränser, ansikten och noder.

Redesignade objekt- & gt; Config-dialoger: Konfig-data separeras nu i standarddata (i sidorna med samma namn som i Objekt- & gt; Skapa dialogrutor) och globala data (gäller för alla objekt, gamla och nytt) på den globala (senaste) anteckningsboksidan. Dialoger som påverkas: Atom-> Config, Cell-> Config, Light-> Config.

• Implementerad Cell- & gt; Config dialog och infrastruktur. Storleken på cellgränser, nodpunkter och vektorns axlar kan nu ställas globalt för alla celler i GAMGI, en funktion som är absolut nödvändig. Standardvärden för användning av cellfärger och axlar har också ställts in.
• Lös ett problem i gamgi_gtk_bond_create: färgen i static_init ignorerade tidigare config data.
• Lös ett problem i gamgi_mesa_draw_pick och gamgi_mesa_draw_grab: Cellbreddpunktsbredd satt till linjebredd istället för punktbredd.

Vad är nytt i version:

• Lös en bugg som just introducerats: vi kan inte ta bort GDK-visuellt efter att ha tagit bort ett GL-kontext. Har precis tagit bort den här koden. Tydligen gör GTK detta när widgeten förstörs.
• Förbättrad gamgi_gtk_area.c, som används i X-versionen av GAMGI, som ersätter GTKGLExt-biblioteket med vår egen GLX-baserade kod. Javier Cabezas portade denna kod till GTK 3 och fungerar bra! Tillbaka porten ändras så skillnaderna mellan koden för GTK 2 och GTK 3 är absolut minimala.
• Vi kan inte använda r, g, b färger på grund av a, b, c-cell axlar.
• Förbättrad axellayout i Orbital-> Skapa och Orbital-> Ändra dialogrutor.
• Ändrad etikettmodell till räckvidd i Orbital-> Skapa och Orbital-> Ändra och ändra Hjälpgränssnittet i enlighet därmed.
• Kontrollerade alla hjälpformat dokumentationssidor.
• Uppdaterad hjälpdokumentation för klusterformat.
• kluster-> målskikt är inte längre nollställda.
• Synced gamgi och gamgi_exp branches.
• I XML-filer, i gruppelement, ersattes attributtyp med referens.
• Uppdaterad hjälpdokumentation för plan- och riktningsformat.
• Uppdaterad hjälpdokumentation för gruppgränssnitt och -format.
• Förnyade EU-varumärket GAMGI fram till 2024.
• Uppdaterade källkoden och dokumentationslicensen till GPL v3.
• Började använda sha256sum för att checka alla distributionsfiler.
• Förnyade registreringen av gamgi.org domännamn till 2020.

Vad är nytt i version 0.17:

• Fixa en makefile-bugg (introducerad i gamgi0.15.6) i GAMGI-avdelningen som inte kräver GtkGlExt-biblioteket: make_rulesna innehåller gtkglextberoende som inte borde finnas där.
• Planer, Vägbeskrivning kan nu säljas av projektionsnät: Wulff eller Schmidt.
• Synkroniserad kod, dokumentation och datafiler mellan gamgi och gamgi_exp distributionsträd.
• Kontrollerade dat / orbital XML-filer för att uppdatera attribut för orbitalaxlar.
• Kontrollerade alla dat / XML-filer för att ersätta attributtyp efter etikett, i atomelement.
• Kontrollerade alla dat / XML-filer för att ersätta attributtyp efter modell, i plan, riktning, cellelement.
• För konsekvensens skull, ersättas globalt namnprojektionen med nät i riktning och plankod och XML-element.
• För konsekvensens skull, ersättas globalt namntypen efter modell i cell-, plan-, riktningskod och XML-element.
• Ändrad etikett Typ till modell i Cell-> Skapa och Cell-> Ändra.
• Ändrad etikett Metod för att skriva i Bond-> Skapa.
• Uppdaterad hjälp- & gt; dokumentationsformat för XML-plan och riktningsobjekt.
• Uppdaterad Hjälp-> Gränssnittsdokumentation för Typ och Projektion i Plan-> Skapa, Planera, Ändra, Riktning-> Skapa, Riktning-> Ändra.
• Den atomära temperaturen Debye-Waller kan nu bara ta värden mellan 0,0 (blå) och 100,0 (röd) som vanligt i denna analys.
• Dokumentation för gränssnitt och format för Objekt Objekt.
• Fast standard Debye-Waller atomtemperatur: det nya värdet är 0,0, vilket motsvarar en atom med en välkänd position.
• Uppdaterad formateringsdokumentation för Atom- och Cellobjekt.
• Hjälp-> Nuvarande och Hjälp- & gt; Ämne kan nu läsa dokumentationen för Orbital-> Ändra.
• Skriven dokumentation för Orbital-> Ändra.
• Uppdaterad dokumentation för Orbital-> Skapa.
• Orbital-axlar hanteras nu på ett mycket enklare sätt, i Orbital-> Skapa, Orbital-> Ändra och XML-inbyggda filer.
• Orbital-> Select fungerar nu bra för alla alternativ, inklusive de många egenskaper som kan användas för att välja orbitaler.
• Förenklade lätt funktionerna gamgi_gtk_select _ *. c.
• Fasta två buggar i H-orbitalkoden, introducerad i GAMGI 0.16.6: 1) villkoren rho ** L (från Laguerre-polynomier) och 1 / r ** L (från Legendre-funktioner) avbryter varandra , förutom en konstant som saknades. 2) Standardradiusberäkningen saknades rho ** L termen.
• Listor över planer kan nu väljas efter modell: Polygon, Pol, Spår, Vektor.
• Riktlinjerna kan nu väljas efter modell: Linje, Pol, Spår.

Vad är nytt i version 0.16.8:

• I stereografiska projiceringar ökade du något z-höjd i pole bitmaps (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), så dessa visas alltid över spår. Detta fixar en visuell glitch men gör det också mycket lättare att välja poler med spår runt, eftersom färgerna nu är tydligt åtskilda.
• Synced gamgi och gamgi_exp code branches.
• Uppdaterad static_press i Plane-> Ändra och Direcyion-> Ändra, så objektnamnet skrivs inte över med automatisk namninställning.
• Automatisk namnändring i Plane-> Ändra och riktning-> Ändra fungerar bra nu, för kristallografiska plan, diretcions.
• Hittade och tog bort ett fel i Plane-> Skapa och riktning-> Skapa: i vissa fall ignorerades det objektnamn som användaren angav.
• Hittade och tog bort en allvarlig bugg i Plane-> Skapa och Riktning-> Skapa: Efter att du skapat planer / riktningar med hjälp av listor som tidigare skapades med dialogrutan Listnivånivå, har de inte korrekt återställts. I vissa omgångar kan detta krascha GAMGI.
• Hittade och tog bort ett fel i Plane-> Skapa och Riktning-> Skapa: Pol och Spår skapades inte simultanosuly, vid behov, bara en varje gång.
• Orbital-> Select fungerar nu. Listor med orbitaler kan kopieras, länkas, väljas, ändras, tas bort, som för andra objekt.
• Synced gamgi och gamgi_exp code branches.
• Fast cell-> Länk: det fungerar (igen) bra för listor med celler, i objekt (över och under), kristall och slumpmässiga lägen.
• Hittade och tog bort en enkel men allvarlig bugg: När flera fönster var öppna och en lista över objekt var aktiv och vald som det aktuella objektet, skulle Återställ (men inte Exit) krascha Gamgi.
• Cell- & gt; Slumpmässig (RCP) fungerade inte: ersatt av äldre kod. Cell-> Länk behöver mer arbete.
• Kompilera igen med -O3 flagga.
• Fixade en allvarlig bugg i alla Objekt-> Välj dialogrutor, i metodregionen: När samplingsrektangeln inte var helt inuti grafikområdet skulle några av de samplade färgerna vara odefinierade och GAMGI skulle krascha när du trycker på Ok. Kraschen upptäcktes för länge sedan, men orsaken var oklart tills nu.

Vad är nytt i version 0.16.7:

• Synced gamgi / dat och gamgi_exp / dat dataträd.
• Synced gamgi / doc och gamgi_exp / doc dokumentation träd.
• Synced gamgi / src och gamgi_exp / src-kod träd.
• Fasta fler GUI-glitches i Orbital-> Ändra.
• Fasta orbital-> Ändra kraschar: orbital-> punkter måste återställas till 0.
• www.gamgi.org och ftp.gamgi.org serveras nu från en VM som är värd vid IT-centret vid Lisboa University. Förhoppningsvis betyder det mer tillförlitliga anslutningar och mindre tid ner.
• Automatisk namnändring i Orbital-> Ändra fungerar bra nu.
• Automatisk namnändring i Atom-> Ändra fungerar bra nu.
• Implementerat automatiskt namnändring i Atom-> Ändra.
• Genomförd automatisk namnändring i Orbital-> Ändra.
• Orbital-> Ändra arbetar nu för enkla orbitaler. Listor över orbitaler borde fungera i nästa utgåva.
• Översättning, Rotation, fungerar nu bra för Orbital-> Ändra.
• static_apply för Orbital- & gt; Modify är mestadels gjort.
• Slutfört static_grab för Orbital-> Ändra.
• Tillagd static_ok_global och static_ok_local för Orbital-> Ändra.
• Slutför static_press för Orbital-> Ändra.
• GUI-beteendet för Orbital- & gt; Modify är nästan slutfört.
• Började arbeta med Orbital-> Ändra och Orbital-> Välj.
• Uppdaterad gamgi_mesa_pick.c och gamgi_mesa_grab.c för att ta hänsyn till solida representationer av orbitaler.
• Fixat en liten bugg i orbital axes mesa drawing code.
• Laguerrepolynomerna har en faktor r ** L (L = vinkelkvantumtal) som avbryter exakt med faktor 1 / r ** L i Legendre-funktionerna, så de matematiska beskrivningarna av H-orbitalerna blir mycket enklare! Tack till Jose Luis Martins för att peka mig på det här! För sådana låga sannolikhetsdensiteter (1E-6) är de numeriska problemen så känsliga att de orbitala visuella representationerna blir lite annorlunda, även för L = 1, efter denna förenkling.

Vad är nytt i version 0.16.6:

• Synced gamgi / dat och gamgi_exp / dat källkodsträd.
• Synced gamgi / src och gamgi_exp / src källkodsträd.
• Tillagda skärmdumpar som visar de nya representationerna för orbitaler.
• Lätt ökad theta, phi-noggrannhet vid bestämning av den orbitala standardprovtagningsradien: testad mot (6,5, -5) orbital (6hy5).
• Felkodad kod för att utföra signalinterpolering i fasta orbitaler. Fungerar bra nu! Detta var verkligen det sista hindret för att få en världsklass orbital representation i GAMGI! Tid för skärmdumpar! Framtidsvis kommer vi att försöka minska antalet snurrar, normaler och trianglar, och vi kan implementera Gorauld-skuggning, men inget av detta kommer att förändra vetenskapliga och visuella möjligheter i vår nuvarande modell. Ett glas hamn att fira!
• Genomfört en metod för att utföra signalinterpolering i fasta orbitaler, för att lösa problemet med signalförändringar i brister som hittades tidigare.
• Rengörad kod i gamgi_chem_orbital.c och gamgi_chem_orbital.h.
• Fixed a bug: orbital sannolikhetstätheten exporterades inte korrekt till XML-filer.
• Orbital axlar är nu enklare att använda och har fler alternativ.
• Signalkoden fungerar nu: 3D-orbitaler ser riktigt fantastiskt ut, men signalkoden måste raffineras, eftersom bristen på interpolering resulterar i för mycket visuellt ljud när signalen ändras.
• Fixa koden för att byta positiva och negartiva trianglar.
• Fixerad signalinterpoleringskoden i static_edge.
• Lös en interpolationsproblem relaterad till orbitalisosurface-löseffekten: kraftfraktion till [0,1] -området.
• Fast orbital fastkod kantorientering: detta behövs för exakt interpolering.
• Fasta numeriska felaktigheter: Bara en bugg som delar kubbarna (som i ett 3D-schackbräde). Ser bra ut nu!
• Debugged den solida orbital 3D-koden, verkar fungera bra, fortfarande med några numeriska felaktigheter i ytan.

Vad är nytt i version 0.16.5:

• Orbital-objekt kan nu exporteras, importeras till GAMGI inhemska XML-filer. Ersatte den rekursiva static_outside rutinen med en loop och stack version, så att en kritisk flaskhals avlägsnas i den fasta orbitalkoden. Fixed mem läckor i GTK kod, sintax buggar i objekt urval av färg, varningar på grund av oanvända variabler, etc.

Vad är nytt i version 0.16.4:

• Synkroniserade gamgi och gamgi_exp källa grenar.
• Uppdaterad make_local, för att inkludera sökvägarna: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / inkluderar, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / inkludera av Ubuntu.
• Fixade ett fel i den nya fasta orbitalkoden: r-längdstestet är meningsfullt i den trådbundna representationen men inte i den solida!
• Den nya rekursiva koden fungerar för bitrapporter så stor som 160x160x160, i värsta fall.
• Den rekursiva koden för att hitta yttre ytor kraschar för bitrader som är större än 50x50x50. Letar efter ett loopalternativ.
• Orbitalkod: vågfunktionsinterpolering för att producera triangelbaserad representation fungerar väldigt bra.
• Den triangelbaserade 2D-solida reningen av plana ytor i H-baserade orbitaler är nu väl testad och fungerar bra! Detta är avgörande för att bygga en oktantbaserad representation av dessa orbitaler, där användarna kan välja vilka oktanter som ska visas.
• Tillagda nya speglar, http://atom.ist.utl.pt och ftp://atom.ist.utl.pt, till framtiden värd gamgi.org.
• Tillagde fina strukturer och informationsfiler för hög temperatur beta-kvarts, beta-cristobalit och beta-trydimit.
• Implementerade en ny spegel: http://gamgi.ist.utl.pt/ eller http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Förenklade sättet H-Orbital oktanter väljs i Wired mode.
• För varje H-orbital octant skrev den topologiska koden för att bygga alla trianglar som behövs för att beskriva den yttre 3D-isosurfaceen (tetra-kubens algoritm) plus de interna 2D-oktantgränserna.
• För varje H-orbitalt oktant skrev och testade du bitmatningskoden som behövs för att eliminera de inre isofurfacesna och visa endast den yttre.
• Förenklade den oktant binära koden i gamgi_chem_orbital.c.

Vad är nytt i version 0.16.3:

• Förbättrad läsbarhet i alla Objekt- & gtkopior dialoger.
• Tillagd dokumentation för Orbital-> Skapa, Orbital-> Kopiera, Orbital-> Länk och Orbital-> Ta bort.
• Uppgraderad Hjälp-> Aktuell och Hjälp-> Ämne att ange Orbital-> Skapa, Orbital-> Kopiera, Orbital-> Länk, Orbital-> Ta bort.
• Synced gamgi och gamgi_exp trees.
• Orbital-> Länk fungerar nu bra (listor över orbitaler som ännu inte implementerats).
• Lös en glitch i alla link_object.html-filer, vilket resulterade i ett GAMGI-felmeddelande när hjälp-delsystemet försökte öppna en av dessa filer.
• Orbital-> Kopiera fungerar nu bra (listor över orbitaler som ännu inte implementerats).
• Orbital-> Ta bort fungerar nu bra (listor med orbitaler som ännu inte implementerats).
• Började bygga dialogrutorna Orbital-> Kopiera, Orbital-> Länk och Orbital-> Ta bort.
• Layouten i oktanterna, i dialogrutan Orbital- & gt; Skapa, är mycket mer intuitiv nu.

Vad är nytt i version 0.16.2:

• Synced gamgi / (med GtkGLExt) och gamgi_exp / (med GLX) versioner.
• Filtreringsvolymen oktanter fungerar nu bra för H-orbitaler.
• Avslutad sökning efter bästa standardvärden för H-baserade orbitaler. Standarddensitet är 1E-6, vilket behövs för att visa alla regioner i 6s-orbitaler. Poängen är 50000 x n, vilket är en rimlig kompromiss. Standardradie beräknas skanna från sista max i f2r2 radialdensitet plus en 2,0 min längd tills maximal densitet (sökning på theta, phi) blir lägre än standarddensiteten.
• Förbättrad, redesignad Orbital- & gt; Skapa dialogruta.
• H orbitaler jobbar nu bra i Gamgi. Letar du efter de bästa standardvärdena.
• Tillagd all kod som behövs för att bygga och göra H-orbitaler.
• Optimerad H-orbitalkod för hastighet.
• För alla vätebaserade orbitaler från n = 1 till 6 beräknas avstånden för radialpolinomia maxima.
• För alla vätebaserade orbitaler från n = 1 till 6 beräknas avstånden för radialpolinomia-nollor.
• Orbital-objekt kan nu skapas, skalas (runt nuvarande centrum), flyttas, roteras, som något annat Gamgi-objekt.
• Slutför dialogrutan Orbital-> Skapa för att bygga vätebaserade orbitaler.
• Skrev den grafiska motorkoden för att göra vätgasbaserade orbitaler i streckat läge.
• Tillagd och testad s, p, d, f, g, h Vattenbaserade orbitaler för n = 6, i kartesiska x, y, z-koordinater.

Krav :

• GTK +