Marvin

Marvin Projektet erbjuder en samling av Java verktyg för att rita, visa och karakterisera kemiska strukturer, underkonstruktioner och reaktioner.
Marvin kan enkelt installeras på skrivbordet och sömlöst integreras i webbsidor och applikationer från tredje part via sin Application Programming Interface (API).
Den Marvin familj består av följande verktyg:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets eller bönor?
Marvin finns i två paket beroende på användning:
* Marvin Applets för webbutvecklare
* Marvin Bönor för apoteket skrivbordet och för programutvecklare.
Marvin Applets är verktyg för att bygga kemiska webbsidor, som är kompatibla med de flesta webbläsare (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) De erbjuder åtkomst från / till JavaScript och är anpassningsbara av applet parametrar.
Marvin Bönor är lätt installerbara applikationer för skrivbordet och verktyg för att integrera Marvin kapacitet i alla Java-program

Vad är nytt i den här versionen:.

• MarvinSketch:
• Offentlig sökdatabas i chemicalize.org.
• Möjlighet att ändra ligand ordning i MarvinSketch.
• Fog-effekten kan styras på olika sätt:
• Det finns ett reglage på fliken Visa i dialogrutan Inställningar i Sketch / Visa GUI för att ställa in styrkan i dimman-effekt och en kryssruta för att stänga av den automatiska dimma-effekten.
• Applet och bönor parametrar införs: fogFactor, automaticFogEnabled. (Ämne i ett forum).
• Bifoga en grupp fästpunkt inte automatiskt dela upp den Sgroup längre.
• Fastställande av S-gruppinnehåll:. Flera och generiska S-grupper måste innehålla hela delgraf mellan obligationer korsar fästena
• Uppdatering av S-gruppinnehåll om konsol positioner förändras: antingen konsoler eller strukturen flyttas
.
• S-gruppen inbäddning och överlappning kontrolleras vid molekylkonsistenskontrollerna.
• SMARTS import stödjer alifatiska kolväten med dubbelbindning (ämne i ett forum).
• SMILES import / export stöder allenes.
• Generera traditionella namn för fragment inuti en större förening (t.ex. & quot; dextrometorfanhydrobromid & quot;).
• Stöd för CAS-nummer konvertering.
• Förbättrad OCR felkorrigering i DocumentExtractor (saknade kommatecken, misrecognized parentes typ, extra utrymmen, ...).
• Dokument Extractor på PDF-dokument nu ger sidnumret träffar.
• Förbättrat stöd för vanliga namn i struktur-till-namn och namn-till-strukturen. Den allmänna stödet för namn importen ökat med ca 5% för vanliga och 10% för systematiska namn. Omvandlingen fart ökar med ca 20%.
• JChem och Marvin Bönor installatörer för Windows extrahera även skalskript för Cygwin.
• Bevara exocycyclic grupper i Bemis-Murcko ramar.
• Halogen kan ha mer än en anslutning under uppräkning.
• Aromatiska obligationer anses under beräkning av antalet dubbelbindningar för homologifastighets kontroll.
• Lasso urvalsläget kan ställas in för att vara standard i MSketchPane (ämne i ett forum).
• En ny funktion, isChiral har lagts till TopologyAnalyzer.
• New Chmical Villkor funktioner: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Buggfixar:
• Namn rutan uppdaterades inte efter grupp skapande eftersom skapa en grupp inte ökade graf invariant förändring count (ämne i ett forum).
• MarvinSketch ansökan förstod inte & quot; - {name} & quot; kommandoradsparameter.
• När Struktur & gt; Hitta strukturera nätet menyn åberopades under Linux, kan standardwebbläsare inte upptäckas att visa resultat (ämne i ett forum).
• Laddningen av isotopes.data filen från java cache misslyckades om dess okomprimerade versionen lagrades i cachen (dvs. om icke-kompressions gjordes automatiskt av webbservern, och inte av Marvin). Forum ämne, dokumentation.
• Grafiska objekt inte visas i Geometri Plugin resultatfönstret.
• På pilen elektronflöde, var den blå rutan för att markera missat (ämne i ett forum).
• ligand uppdrag inte visas på schavotten om definitionerna togs bort, även om & quot; alltid & quot; visningsalternativ fastställdes för & quot; Ligand Beställningar & quot; på inställningsdialogrutan.
• Index för den multi atomen blev skadad efter att exportera till MDL Mol-format om den var ansluten till en R-grupp.
• Arrow fastnat rektanglar skadades under MRV import / export (ämne i ett forum).
• Import av 1-brev peptid misslyckades vid ett enda Histidin (ämne i ett forum).
• Implicit väten saknades genom att importera från SKK.
• Null fastighetsvärde om MolAtom inte exporterades / importeras i MRV-format.
• Genom att importera vissa SMARTS, var fel obligations typ bestäms istället för enkel- eller aromatisk bindning.
• Vissa konsoler som importeras från CDX-filer dras i ChemDraw visades i fel riktning.
• SMARTS export:. 1-atom enkelbindning granne en aromatisk ring exporterades som enkelbindning i stället för enstaka / aromatisk
• Exportera frågor med koppling nod och R-grupperna i SMARTS format var felaktiga.
• H atomen hanteringen var tvetydigt i SMARTS uttryck.
• Mol fil kommentarfältet import misslyckades.
• Import av vissa SMILES var fel (ämne i ett forum).
• Om mallen innehåller en kedja del som kan placeras i målet som en del av en ring (eller ringsystem) vi bör ignorera den delen av mallen.
• The Fine med Hydrogenize möjlighet Clean3D inte dela upp S-grupper automatiskt (ämne i ett forum).
• Molecule.contractSgroups () trasslat molekylen koordinaterna (forum ämne).
• Explicita väten inte blivit korrekt beaktats i cis / trans-stereokemi beräkning.
• tautomer generator kastade ArrayIndexOutOfBoundsException i vissa fall.
• Homology uppräkning producerade inkonsekventa molekyler för vissa VMN ingång.
• Felaktig laddning räkna efter applicering CovalentCounterion fixare.
• Loggutgångsformat StructureChecker kommandorad skilde sig från utgångsformat i guiden.
• ChiralFlagErrorChecker inte hanterade kiralitet korrekt. Istället för att beräkna kiralitet från paritetsdata, använde det ett genomförande baserat på isChiral metod TopologyAnalyser.

Vad är nytt i version 5.4.0.1:

• Highlighting av elektronflödespilar var fel när basen eller slutpunkt var en obligation (ämne i ett forum).
• Serial numrerade menykonfiguration fungerade inte.
• Indexet för multi atomen felaktigt skapas under MDL MOLFile export vid konstruktioner där R-gruppen anslutna till multi atomen (position variations obligationer).
• Implicit väten saknades atomerna efter import eller pasta av strukturer i ISIS / Symyx Sketch filformat (SKC filformat).
• CDX-filer inklusive roterade grafiska objekt exporteras från gamla versioner av ChemDraw kunde inte importeras.
• tautomer beräkning
• Generic tautomer var inte unikt nog i vissa fall. På grund av fix, är den generiska tautomeren tillhandahålls aromatisk formulär.
• Canoncical tautomer beräkningen har förbättrats på grund av fix av dearomatization.
• Vissa strukturer med explicita väten samband med kil obligation gav ett undantag under generisk tautomerisering.
• Volymberäkning saknades från cxcalc.
• Struktur Checker kastade NullPointerException istället för att ignorera felaktiga konfigurationsfil.

Vad är nytt i version 5.1.03.2:

• IUPAC Namn import: konvertera IUPAC namn till strukturer.
• OLE 2 stöd:. Förbättrat stöd för att klistra in MarvinSketch objekt i MS Office-dokument
• Kemiska Villkor:. Tillgängliga från Marvin i kommandoraden, API och kan användas i Java-skript (i applets)
• Accelerated initiering av MarvinSketch och MarvinView vid start, både som fristående version, och som genomförs komponent i andra program.

Krav :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment