PathVisio

PathVisio är en öppen källkod och helt gratis grafiskt program implementeras i programmeringsspråket Java och utformats från grunden för att kunna användas för att visa, analysera och redigera biologiska vägar under ett GNU / Linux-operativsystem system.Can användas för att rita vägar , länka biologisk entitiesThe programvara kan användare att rita vägar, länka biologiska enheter (proteiner eller gener) till biologiska data, med hjälp av databas identifierare, redigera banor, samt att analysera vägar. Med PathVisio kommer du också att kunna kartlägga experimentella data, såsom microarray data och visualisera den ovanpå den befintliga vägen ritningen.
Dessutom kommer du att kunna välja en gen databas väljer en metabolisk databas visa statistik, import uttrycks data väljer uttrycks dataset, sök vägar, visa legend, manipulera objekt, importprojekt, samt att installera och hantera plugins, som kan lägga ytterligare funktionalitet till app.Requires ingen installationThe ansökan kan användas utan att installera det på din GNU / Linux operativsystem. Allt du behöver göra är att ladda ner binärpaket från Softoware, spara arkivet på en plats som du väljer, extrahera den med hjälp av en arkivchef verktyget öppnar extraherade katalogen, och dubbelklicka på pathvisio.jar file.Under den hoodWhile ta en snabb titt under huven på PathVisio mjukvaran, vi & rsquo; ve märkt att ansökan är skriven helt i programmeringsspråket Java, och att dess grafiska användargränssnitt är utformad med den senaste Java Swing teknik. Vi & rsquo; ve framgångsrikt testat programmet på datorer som stöder någon av de 32 eller 64-bitars CPU architectures.Runs på alla OS där Java är supportedBeing skrivna i programmeringsspråket Java, kan PathVisio förklaras ett plattformsoberoende program som stöder GNU / Linux , Microsoft Windows, Mac OS X, BSD, Solaris, och något annat operativsystem där de senaste Java-teknik stöds

Vad är nytt i den här versionen:.

• 31 Januari 2014: Bugfix frigör
• GeneOntology termer nu bort från Sökresultat för anteckningar
• DataNodes måste förses med ID och Datasource eller ingenting (sparar datanoder med endast ID eller datakälla inte är tillåtet längre)

Vad är nytt i version 3.1.2:

• Stor bugg i fil import modul fast: http: //developers.pathvisio.org/ticket/1697

Vad är nytt i version 2.0.11:

• Spara automatiskt
• Zoom använder scrollhjul
• Val av rader är lättare: inte längre nödvändigt att klicka på den exakta pixel
• Nu med två metoder för överrepresentation analys; en väg orienterad och en dataorienterad

Vad är nytt i version 2.0.10:

• Nytt sätt att teckning rundade rektanglar för att undvika stretching effekt
• Olika små buggfixar

Vad är nytt i version 2.0.9:

• Ny kontakt typ för kontakt av godtycklig längd och godtyckliga vinklar
• Nytt & quot; cellulära komponenter & quot; egenskap för lagring av den biologiska betydelsen av ett fack
• Nytt & quot; dubbel & quot; linjetyp (särskilt användbart för dubbel membraned organeller)
• Klickbara hyperlänkar i vägar
• Se milstolpe: & quot; milestone_27 & quot; för en komplett lista med bugfixar

Vad är nytt i version 2.0.8:

• Förbättrade former för cellulära komponenter
• Några användbarhetsförbättringar såsom kopiera / klistra i popupmenyn
• Se milstolpe: & quot; milestone_26 & quot; för en komplett lista med bugfixar

Vad är nytt i version 2.0.7:

• verktygsfält ikoner och nya sidopanelen för att göra det lättare att välja pil typer och former (tack liubing)
• Pathway databaser ingår som datakälla, så att du kan lägga till länkar från en väg till en annan
• BioPAX omvandlare har förbättrats och producerar mer giltiga BioPAX dokument.
• ny kontakt typ där enskilda punkter kan manipuleras (tack leonth)
• Antal datakällor har ökat till över 180
• Se milstolpe: & quot; milestone_25 & quot; för en komplett lista med bugfixar

Vad är nytt i version 2.0.6:

• Antalet ankare på en form kan ökas från standard 12.
• kan nu visas En legend av datavisualisering på vägen själva bilden. Tidigare var det bara synlig i en sidopanel.
• Se milstolpe: & quot; milestone_24 & quot; för en komplett lista med bugfixar

Vad är nytt i version 2.0.4:

• förbättrad textformatering former, etiketter och datanodes
• många fler former för datanodes
• enkla pixelkoordinater
• ställa bakgrundsfärg på datanodes

Vad är nytt i version 2.0.3:

• Mest anmärkningsvärt i den här versionen är den nya XML Schema för GPML vägen formatet (version 2010a). Denna nya väg format kommer många nya grafiska funktioner framtiden, du kan se fram emot en del av de som förekommer i nästa version.
• Andra nya funktioner:
• Osynliga ankare verkligen osynliga, åtminstone när något är ansluten till dem (tack till Margot)
• Extra -v kommandorad alternativet (tack vare Mark)
• Vald databas visas korrekt i statusfältet igen
• Många nya förlängnings poäng för plugin utvecklare
• Se milstolpe: & quot; milestone_21 & quot; för en komplett lista med bugfixar

Vad är nytt i version 2.0.1:

• Förbättrad algoritm för automatisk kontakter som pekar på ett ankare .
• Förbättrad ritning av pil typer som har en kort & quot; gap & quot; vid slutet.
• Eftersom thawte freemail tjänsten har avbrutits, vi uppdaterat vårt säkerhetscertifikat
• Pathway History betraktaren hade en bugg där varje rad ansågs ändrats, även om det inte var. Detta har nu åtgärdats.

Krav :

• Oracle Java Standard Edition Runtime Environment