Arabidopsis Motif Scanner (AMS) är ett Windows-program som körs på lokala datorer. Den utvecklades för att bygga gennätverk genom att identifiera positionerna av cis-regulatoriska element i modellväxten Arabidopsis thaliana och genom att tillhandahålla ett enkelt gränssnitt för att bedöma och utvärdera gen relationer. Dess viktigt innovativt inslag är att kombinera cis-reglerande element positioner, NGS och DNA-chip Arrays expressionsdata, Arabidopsis kommentarer och gen interaktioner för identifiering av gennätverk regleras av transkriptionsfaktorer. I studier inriktade på transkriptionsfaktorer funktion, använder mjukvaran uttrycket av data och bindningsställe motiv i de reglerande genregioner för att förutsäga direkta målgener. Dessutom, AMS använder DNA-protein och proteinproteininteraktionsdata för att underlätta identifieringen av de metaboliska vägar regleras av transkriptionsfaktorn av intresse.
Kommentarer hittades inte