Bibliosphere Analysis Kit

BiblioSphere erbjuder en unik kombination av litteratur-gruv- och väg analys för molekylärbiologer som är intresserade av genreglering och biologiska nätverk.
 BiblioSphere Pathway Edition använder en omfattande databas med individuellt modellerade relationer mellan gener, proteiner, komplex, celler och vävnader tillsammans med upp-to-date text mining för automatiserad kunskapsutvinning så att du kan länka dina data till biologiska nätverk i olika biologiska sammanhang.
 Använd BiblioSphere till

• förlänga biologiska nätverk bortom kanonisk väg information (reglerande & metabolisk)
• slå ihop dina höga genomströmningsresultat med biologisk kunskap och sekvensbaserade analyser
• utför sammanhangs känsliga lagstiftningsvägen analys
• genererar experimentspecifik pathway varianter
• länk vägar till sjukdomsmekanismer och gener
• gör avancerad experimentell design

Vad är nytt i den här versionen:

Nya och Enhanced Data Sources

• Genomatix Expert En forsknings Gene-Gene Relationer:
   Genomatix har integrerat sin egenutvecklade kunskapsbas expert curator data om genreglering in BiblioSphere. Denna unika datakälla lägger semantik för gen-gen relationer till de dynamiskt genererade BiblioSphere gennätverk, tillhandahålla information som "Gene A aktiverar transkription av genen B" eller "Gene A interagerar fysiskt med gen B".
  
• signaltransduktionsvägar:
   Delar av Gene ontologi relevant för signaltransduktion samt data som sammanställts från litteratur har kombinerats för att möjliggöra identifiering av kanoniska vägar som är kopplade till den fokuserade nätverket.
  
• metabolismväg föreningar:
   Metabolismväg föreningar har integrerats för att möjliggöra identifiering av metaboliska händelser som är relevanta för din uppsättning gener.
  

• Pathway Visa med expert curerad gen-gen relationer
   Gene grupper sammanställs i lättförståeliga dynamiska nätverksdiagram kombinerar handen curerad gen-gen relationer med data från automatiserad kunskapsutvinning. Nätverk kan anpassas genom filter och fokuserad i en gen centrerat sätt att utföra kortaste vägen analys.
  
• Cellular Lokalisering View
   Baserat på GO Anteckningar gener tilldelas sin subcellulär plats och visualiseras som en diagrammed cell layout, så att du kan identifiera subcellulära regioner och delområden som är relevanta för din gen set.
  

• Projektledning: Hantera dina analyser genom att organisera dem i projektmappar. Snabbt komma tidigare resultat med några få musklick eller lägga till nya sökningar till befintliga projekt.
  

• Olika små förbättringar och buggfixar

Krav :

• Mac OS X 10.2 eller senare
• Java 1.4.1 (uppdatering 1 rekommenderas)
• anslutning till Internet
• en Genomatix utvärderingskonto (gratis)