Biopython

Utvecklad ett internationellt team av utvecklare är det en distribuerad samarbete för att utveckla Python bibliotek och tillämpningar som tillgodoser behov i nuvarande och framtida arbeten i bioinformatik.

Vad är nytt i denna utgåva:.

• Bio.Phylo har nu träd bygg- och konsensus moduler, från den GSoC arbete av Yanbo Ye
• Bio.Entrez kommer nu automatiskt hämta och cachelagra nya NCBI DTD-filer för XML parsing under användarens hemkatalog (med ~ / .biopython på Unix liknande system, och $ APPDATA / biopython i Windows).
• Bio.Sequencing.Applications innehåller nu ett omslag för samtools kommandoradsverktyg.
• Bio.PopGen.SimCoal nu även stödjer fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-text, hmmer3-fliken, och hmmer3-domtab stöder nu utdata från hmmer3.1b1.
• BioSQL kan nu använda mysql-connector-paketet (tillgängliga för Python 2, 3 och PyPy) som ett alternativ till MySQLdb (Python 2) för att ansluta till en MySQL-databas.

Vad är nytt i version 1.63:

• Nu använder Python 3 stilen inbyggd nästa funktion i stället för Python 2 stil iteratorer ".Nästa metod ().
• Den nuvarande versionen bort kravet på 2to3 biblioteket.

Vad är nytt i version 1.62:.

• Första utgåvan av Biopython som officiellt stöder Python 3

Vad är nytt i version 1.60:

• Ny modul Bio.bgzf stöder läsa och skriva BGZF filer ( Blockerad GNU zip-format), en variant av GZIP med effektiv random access, som oftast används som en del av BAM-filformat och i TABIX.
• GenBank / EMBL parser kommer nu att ge en varning om oredovisade funktionen platser och fortsätta analysera (lämnar funktionen läge som None).
• Bio.PDB.MMCIFParser nu sammanställs av standard (men är fortfarande inte tillgänglig under Jython, PyPy eller Python 3).

Vad är nytt i version 1.59:

• Nya modul Bio.TogoWS erbjuder ett omslag för TogoWS REST API.
• NCBI Entrez Fetch funktion Bio.Entrez.efetch har uppdaterats för att hantera NCBI: s striktare hantering av flera ID argument EFetch 2.0.

Vad är nytt i version 1.58:

• Ett nytt gränssnitt och tolkar för PAML (fylogenetisk analys av Maximum Likelihood) paket av program, stödja codeml, baseml och yn00 samt en Python återimplementation av chi2 sattes som Bio.Phylo.PAML modulen.
• Bio.SeqIO omfattar nu läsa stöd för ABI-filer (& quot; Sanger & quot; kapillär sekvensespårningsfiler, som innehåller kallas sekvens med Phred kvaliteter)
.
• Bio.AlignIO & quot; FASTA-m10 & quot; parser uppdaterades för att klara av de markeringslinjer som används i Bill Pearsons FASTA version 3.36.

Vad är nytt i version 1.57:.

• kan Biopython nu installeras med pip

Vad är nytt i version 1.56:

• Bio.SeqIO modulen har uppdaterats för att stödja protein EMBL filer (som används för patent databasen), IMGT filer (en variant av EMBL filformat, med hjälp från Uri Laserson) och UniProt XML-filer.

Vad är nytt i version 1.55:

• En hel del arbete har gått mot Python 3 support (via den 2to3 manus), men om vi inte bröt något du bör inte märka några förändringar.
• När det gäller nya funktioner, är den mest märk höjdpunkt att kommandoradsverktyg ansökan wrapper klasser är nu körbar, vilket borde göra det mycket enklare att ringa externa verktyg.

Krav :

• Python 2.6 eller högre