Command line verktyg för att jämföra kommaseparerad datafiler med hjälp relativa skillnaderna för att fastställa de mest liknande konformationer. Compsort jämför datafiler med hjälp relativa skillnaden, beräknar en likhet poäng, sorterar poängen i stigande ordning (lägre värden representerar större likhet), sparar X antal låga poäng.
De datafiler som produceras av användaren, måste kommaseparerad textfiler. Varje fil representerar en unik molekyl. Varje rad i en fil representerar en unik konformation av molekylen. Den första kolumnen i datafilen måste vara en etikett unikt för konforma representeras av raden. Resten av kolumnerna är numeriska beskrivningar, såsom avståndsmätningar utrymme.
Raderna jämförs kombinatoriskt mellan filer. Etiketterna i jämförelse är sammanlänkade och sparas med poängen för uppsättning rader. Detta tillhandahåller ett sätt att identifiera de konformationer som producerade en given likhetspoäng.
Framtida arbete omfattar:
- lägga grafiskt gränssnitt
- posta papper på min 3D farmakofor modellering algoritm
- En parallell version använder MPI
Vad är nytt i den här versionen:
- fast ett par smärre kompileringsvarningar
- sattes rapportering av beräkningstiden för uppsättning kombi beräkningar utöver den tidigare rapporterade sorteringstiden
- ökad kompilator optimering nivån för binära
Krav :
Mac OS X 10.3
Kommentarer hittades inte