CWC Simulator

CWC Simulator är en C ++ genomförandet av CWC, en kalkyl för representation och simulering av biologiska system. & Nbsp; Efter en lyckad installation (se INSTALL) kommer du att kunna köra simuleringar över CWC modeller, som visas i några exempel (se exempel /).
(kommando-line) Gränssnitt
Som en allmän användare, bör du köra:

-i model.cwc
-o
-t
-s
-n
-c
--qt tröskelvärde
-q
-w
Var:
- är namnet på den körbara (default: scwc);
& Nbsp; - model.cwc är ingångs CWC programmet (se exempel);
& Nbsp; - statistik prefixet output-filer;
& Nbsp; - är simuleringen-tidsgräns;
& Nbsp; - är provtagningsperioden (dvs. 0,12 för att få 250 poäng med tidsfrist = 30);
& Nbsp; - är antalet fall av simulering;
& Nbsp; - är antalet kluster för k-medel
& Nbsp; - är tröskeln för QT klustring
& Nbsp; - är antalet kvantiler;
& Nbsp; - har vanligtvis för att matcha antalet kärnor i ditt system (dvs 4 för quad-core CPU).
Output
Verktyget ger:
- Vissa DAT-filer (den samplade utsignalen från simuleringar)
- Vissa Gnuplot skript för att dra statistiska analysises
Vi arbetar på en omfattande användarmanual

Egenskaper .

• Gillespie SSA algoritm över CWC modeller
• Hybrid- stokastiska / deterministiska semantik
• Flera instanser av simulering med online-statistik
• Optimering för flerkärniga arkitekturer baserat på Fastflow ramverk
• Extensible statistiska regelverk (medelvärde-varians, filtreras klustring osv.)
• Flera kreditvärderings semantik (massaktioner, Michaelis-Menten, Hill osv.)