E-Cell System

E-Cell System är ett koncept för att bygga virtuella celler på datorer.
E-Cell System är ett objektorienterat programpaket för modellering, simulering och analys av storskaliga komplexa system såsom biologiska celler, arkitekten av Kouichi Takahashi och skrivits av ett underbart team av utvecklare. Kärn del av systemet, E-Cell simuleringsmiljö version 3, gör att många komponenter som drivs av flera algoritmer med olika tidsramar för att samexistera.
E-Cell Project är ett internationellt forskningsprojekt som syftar till att utveckla nödvändiga teoretiska stöd, teknik och programvaruplattformar för att möjliggöra exakt hela cell simulering.
E-cellsystem består av följande tre huvuddelar:
- E-Cell simuleringsmiljö (eller E-Cell SE)
- E-Cell modelleringsmiljö (eller E-Cell ME)
- E-Cell Analys Toolkit

Egenskaper :

• Grundläggande funktioner:
• Objektorienterad modellering och simulering av komplexa system.
• Plug-in arkitektur. Nya användarobjektklasser kan utvecklas, dynamiskt laddad, och används i simuleringen.
• realtid användarinteraktion och visualisering under simuleringen.


• Scripting:
• Python skript av en simulering session (kör / stopp / parameter manipulation / databehandling osv ...).
• Python skript av en experiment simulering som innebär många körningar av simuleringssessioner (såsom parameter tuning, metabol kontroll analys osv ..)
• Python skript modell fil generation (t.ex. för automatiserad modellbygge från databaser).


• Kompatibla:
• SBML nivå 1/2 import.
• SBML nivå 1/2 export.


• Parallell beräkning:
• Shared-minne, multi-tråd parallellisering av en enda simulering session. (För att slås samman till huvudgrenen.)
• Cluster och galler distribuerad beräkning av flera simuleringssessioner. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Vad är nytt i den här versionen.

• Denna version lägger olika buggfixar

Vad är nytt i version 3.1.107 RC2:

• Fixat en bugg i ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Fixat en bugg i ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Vad är nytt i version 3.1.107 RC1:

• Fixat sammanställning problem på nyare GCC (& gt; = 4,3). (Moriyoshi)
• Integrerade pyecs i pyecell. (Moriyoshi)
• Sammanslagen ecell.emc i ecell.ecs att undvika statisk initialiseraren weirdness i någon plattform (inklusive Mac OS X). (Moriyoshi)
• Två grafiska frontends (sessions monitor och modell-editor) förnyades vara två paket av python-moduler, ecell.ui.osogo och ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Flyttade GtkSessionMonitor till ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor som finns i ecell / frontend / session_manager. (Moriyoshi)
• Omdöpt ecell.SessionManager att ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Removed följande konstanter från ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)