FlexS förutsäger konforma och orienteringen av en av liganderna i förhållande till den andra en. I FlexS referens-liganden antas vara styva, sålunda, skall den ges i en konformation som liknar den bundna tillståndet. Den superalgoritm i FlexS kräver bara lite manuella ingrepp. Du kan integrera denna kunskap i beräkningarna med FlexS genom att utföra enkla steg manuellt. Således är FlexS utformad för interaktiv arbete på ligandpar liksom för ligand baserad virtuell screening. De två huvudsakliga användningsområdena för FlexS är ligand super positionering (t.ex.. För CoMFA / QSAR) och virtuell screening. Om du har ett protein och en liten molekyl som binder till det (så kallade referens ligand) men ingen strukturen av proteinet, kan du ta referensstruktur som en negativ fingeravtryck av den aktiva platsen. FlexS bestämmer likheten mellan testet och referensstrukturen genom att anpassa dem. I virtuell screening, har du en referens-ligand och en uppsättning av föreningar och du är intresserad av att prioritera föreningar för experimentell testning.
Kommentarer hittades inte