Gephi

Gephi är ett verktyg för att importera, utforska, manipulera, analysera, filter, clusterize, spatialise och export stora grafer och nätverk

Vad är nytt i den här versionen.

• Den här versionen fokus på nya funktioner för både användare och utvecklare, och den nya licensen låser möjligheter för företag. Rankingen och Preview-moduler har varit helt omskriven i ett modulärt sätt och kan nu utökas med plug-ins! Förhandsvisning kan nu utökas på många sätt, till exempel grupp former eller kantkombinationserbjudanden. Dessutom har kontinuerliga framsteg gjorts på den dynamiska stödnätverk och vi släpper idag den sista stora delen: statistik över tiden, tillgänglig från statistikmodulen när nätet är dynamisk. Tack för användare som rapporterade fel, det är det enda sättet att åtgärda dem.

Vad är nytt i version 0.7 Beta:

• Nya funktioner:
• New Data Laboratory (Manipulera kolumner, Sök / Ersätt, Merge, miniatyrdiagram ...)
• Längs nätverk visualisering, topologi förändras över tiden, liksom attribut
• Tidslinje nu fungerar, visas automatiskt när grafen är dynamisk, att enda knapp aktivera filtrering
• Visa / dölj etiketter från filter - kan återställas med "Reset Synlig insatser (till vänster om grafen fönster)
• Visa kant vikt som etiketter på visualisering
• New STAX GEXF importör och exportör, med hierarkin och dynamisk support
• Ny lista / Arrays attributtyper. Kan endast importeras från GEXF nu.
• INTE Operator (Filter)
• MASK Operator (Filter) - hålla kanterna enligt källa / target / båda / alla - kan lätt få grannar en uppsättning noder
• Platta Filter - Platta en hierarkisk graf till den synliga uppfattning omvandla meta kanter i normala kanter
• New Giant Komponent Filter
• Tidsplan import, nytt alternativ i "Importera rapporten att importera successiva statiska filer och omvandlas till dynamiska
• Zoom reglaget i visualiseringsalternativ
• "Importera saknade noder" alternativet i import rapport - välj om du vill skapa dem eller inte
• Ange storlek för "Återställ storlek insatser, genom att högerklicka på knappen Återställ storlek
• Få grad kolumn från oriktade grafer
• Statistik rapporter nu sparad i Gephi projekt
• alternativet Ny "Rescale Vikt" i Förhandsvisning, att tvinga vikt ser likadan ut som Översikt
• Ny "Original" alternativ för kanter färg i Förhandsvisning, håller ursprungliga kantfärg, kommer från Partition till exempel
• Kopiera och flytta noder till ny eller befintlig arbetsyta
• Nya förhandsgranskning förinställningar
• Lokalisering är nu möjligt, och ändra språk Gephi
• När parallella kanter finns under import, nu ökar vikten av kanten som standard
• Alternativ i Ego filter för att inkludera den överordnade nod eller inte
• Meta-kanter har nu en separat skala reglaget i Visualiseringsinställningar, ändra hur tjocka de jämförs med normala kanter
• Ranking och Partition lista över attribut nu sorteras
• Ranking nu uppdaterar sig själv med filtrerade grafer. Genom att klicka på Verkställ uppdateras gränser och omvandlingen (färg, storlek) är korrekt
• det är nu möjligt att dra ett filter sub fråga för att bli en huvudfråga
• Med dynamiska egenskaper, kommer Ranking, Partition, visualisering och filter använda den aktuella tidslinjen intervall för att hitta värden
• Edge vikt kan vara dynamisk, typ DYNAMIC_FLOAT. Force Atlas layout kommer att använda den aktuella tidslinjen intervallet
• Filter uppdateras när grafen ändras, är det aktuella filtret reexecuted
• Lokalisering är nu möjligt, franska och spanska kommer att finnas tillgänglig inom kort
• Buggfixar:
• Fel kant bort från Edge Vikt filter (bugg 603.469)
• Filtrering med konvexa skrov visas (bugg 541.819)
• NullPointerException vid filtrering oriktade grafer (bugg 571.153)
• NullPointerException på import av dynamiska grafen (bugg 581.872)
• gtk + reglaget problem (bugg 529.913)
• Meta kanter inte visas (bugg 584.283)
• är Förhandsvisning inte visar meta kanter (bugg 584.289)
• Fel med Yifan Hu Multilevel layout på en filtrerad kurva (bugg 594.643)
• Node Storlek Läge och Filter paramaters inte spara i projekt (bugg 596.430)
• minnesläcka i GEXF / GraphML Parser (bugg 596.872)
• Fel ömsesidiga kant vikt på Preview (bugg 610.469)
• Framsteg visas inte när du öppnar / sparprojekt (bugg 594.644)
• Det går inte att avbryta ett projekt öppning (bugg 616.415)
• Lång på att plocka en partition post (bugg 519.549)
• EdgeList Database Configuration inte sparas (bugg 571.263)
• "start" och "end" attribut saknas när du exporterar dynamisk GEXF (bugg 521.848)
• Partition & quot; All Blacks & quot; Funktionen slumpmässig färger (bugg 601.066)
• Filtrerat graf exporteras inte med & quot; Välj & quot; intryckt (bugg 573.685)
• partitionsinställningarna i filtret inte sparats på kopplings arbetsytor (bugg 616.052)
• Öppna Arkiverad ZIP-filer bryts (bugg 578.876)
• Undantag om du klickar på "Hierarkin" när du kör fler layout (bugg 631.663)
• GraphML importör inte importerar nod etiketter uppgifter (bugg 581.629)
• Det går inte att spara / sparar som när du öppnar en Gephi genom dubbelklicka en graf i Windows (bugg 583.397)
• ForceAtlas och Fruchterman Reingold inte layout också med meta-kanter (bugg 584.286)
• minnesläcka i diagram Avstånd (bugg 587.450)
• NullPointerException vid utförandet av & quot; Egenvärdes Centrality & quot; Statistik (bugg 589.731)
• NullPointerException när du växlar mellan arbetsytor medan en layout körs (bugg 597.458)
• Det går inte att dra en filter sub-query för att bli en rot fråga (bugg 626.495)
• Ranking parametrar återinitieras vid varje ny rankning (bugg 594.231)
• Ranking inte uppdateras när grafen filtreras (bugg 632.459)
• Node osynlig (för liten) när de skapas med noden penna (bugg 574.807)
• Fel när du öppnar Plugin Center (bugg 616.829)
• Det går inte att välja PostgreSQL förare i databasen importinställningar (bugg 595.223)
• Det går inte att visa kant vikt som text (bugg 603.134)
• Importera omvandla Oriktad inte samman vikt (bugg 603.478)
• Högerklicka på arbetsytan efter radering av en nod plädar & quot; nod kan inte vara null & quot; (Bugg 605.947)
• In / Out grad metriska inte fungerar med oriktade grafer (bugg 606.305)
• NullPointerException när du väljer & quot; - Välj en layout & quot; i Layout ComboBox (bugg 606.964)
• arbetsyta Selection misslyckades att uppdatera efter stängning arbetsyta (bugg 616.814)
• Visualisering färgval inversion mellan "ute" och "både" färg (bugg 618.726)
• "Format" inte redovisas DL import (bugg 619.069)
• Redigeringsfönstret inte gömd på flikarna (bugg 552.494)
• dynamisk graf oredovisade om eviga noder (bugg 555.637)
• FileNotFoundException under spara PDF-fil (bugg 572.876)
• & quot; Node måste vara i diagrammet & quot; fel när du importerar en hierarkisk graf med höjd som är större än 1 (bugg 577.180)
• Auto-skala vänder grafen (bugg 577.843)
• Omöjligt att avbryta den genomsnittliga Väg Statistik beräkning (bugg 590.226)
• Förhandsvisning förhållande inte finns på första gången (bugg 594.176)
• Standard urval av noder i Data Laboratory nödvändigt (bugg 594.515)
• & quot; CommandLineParsing null & quot; meddelande vid fel på öppna filen från kommandoraden eller skrivbords (bugg 594.630)
• Det går inte att importera samma fil två gånger i Welcome fönster (bugg 598.157)
• CSV-fil export problem (bugg 598.767)
• Det går inte att stänga projektet när du skapar en graf (bugg 631.341)
• Visualisering storleksbegränsning (bugg 602.470)
• duplikat etikett i filterfönstret (bugg 604.003)
• partitioner inte uppdatera när du öppnar projektet inte från översikt (bugg 612.902)
• z-koordinaten exporteras inte i GraphML (bugg 614.606)
• Fel nod positioner när inställning X eller Y till noll (bugg 615.844)
• Valda filter frågan inte riktigt uppdateras i UI (bugg 626.483)
• Exportera till PDF Bakgrunden är alltid vitt (bugg 583.386)
• SVG-filer som inte nämns i dialogrutan Export (bugg 626.394)
• Fel nod storleken när Ranking har samma min och max storlek (bugg 631.689)
• Läs positioner från punktfiler (bugg 594.793)
• Ranking och Skilje parametrar lista inte beställt (bugg 594.520)
• Node Degree inte in Label Textinställningar (bugg 598.170)
• Fel mapp vald i exportpanelen vid byte filtyp (bugg 620.337)
• Generera en graf på en tidigare laddad oriktad graf (bugg 624.671)
• Fel linjebredd när SVG importeras i Illustrator (bugg 626.378)
• Filtrering inte uppdateras när sub-frågor som eller tas bort (bugg 594.511)
• Fel vid PDF-export när etiketter har teckenstorlek noll (bugg 626.865)
• Text visas inte i Preview (bugg 627.567)
• Kanter infödda färg visas inte i Preview (bugg 586.237)
• Edge våg skiljer sig mellan Graph och Preview (bugg 569.329)
• Negativa kanter inte utförda i Preview (bugg 628.223)
• Kanter vikt inte samman med parallella kanter (bugg 648.600)
• Partition filtrerar automatiskt nollvärde (bugg 648.600)
• Undantag på öppnings projekt fil (bugg 648.617)
• ego Filter innefattar inte själva noden (bug 649.908)
• PDF Exportera endast med standardteckensnittet (bugg 651.273)
• noder inte omarkerade efter att stänga Urval på panelen Filter (bugg 649.920)
• API:
• Lägg till en Förenkla () för att HierarchicalGraph att platta den hierarkiska grafen och omvandla meta kanter i regelbundna kanter.
• Lägg förstöra (Filter filter) i FilterBuilder att få ett meddelande när en filter fråga tas bort och sanering.
• Lägg till MetaEdgeBuilder i diagram SPI för att möjliggöra egna byggare. Lägg GraphSettings.setMetaEdgeBuilder () i grafen modell inställningar.
• Ändra StatisticsModel att lagra rapporter direkt i stället för statistik instans. Som en konsekvens har modellen nu en getReport () och en getResult () metod som UI kan använda. De för närvarande kör statistik kan nu få en ny getRunning () metoden.
• Förenkla och förbättra attribut evenemang förvaltning. Händelseavlyssnare nu prenumerera direkt från AttributeModel stället för AttributeTable och kommer att få evenemang för alla tabeller. Refacto av AttributeEvent klassen med AttributeTable som källa och en ny AttributeEventData objekt som data. En ny SET_VALUE har genomförts för att få händelser när attributvärden är inställda.
• Förändringar i AttributeRowFactory tar newNodeRow () metoden nu ägare objektet NodeData som en parameter. På liknande sätt för newEdgeRow () och newRowForTable ().
• Lägg till getEdge (nod, nod) i GraphAPI för konsekvensens skull.
• Förändringar i Processor SPI. Den Processorn har nu sett stället för en process () metoden med parametrar. Hur processorer skapas förblir densamma. Skapande av en ProcessorUI gränssnitt för processorer inställningskonfigurationen. En implementering ProcessorUI ger en panel, som visas när importrapporten avslutas. Den ProcessorUI gör det också möjligt att stänga av en processor med vissa villkor.
• Lägg till GetColor () metoden i NodeDraft och EdgeDraft.
• Ange & quot; Översikt & quot; Data Laboratory & quot; och & quot; Preview & quot; som perspektiv. Skapa en ny SPI för perspecives och perspektiv medlemmar. Medlemmarna är helt enkelt den TopComponent som tillhör en perspektiv. Insticksprogram kan genomföra PerspectiveMember att definiera den öppna och stänga beteende.
• Lägg till lista / array typer i attribut API. Alla infödda typer har nu en relaterad listtyp, utom dynamiska typer. Listan typer ärver från AbstractList.
• förändringar i sättet Import API handlar tidsintervall och dynamiska data. Stöd för dynamiska egenskaper har lagts till med en ny addAttributeValue () metoden i NodeDraft och EdgeDraft. För att förbättra data sanering möjligheter, återvänder NodeDraftGetter och EdgeDraftgetter nu en AttributeRow i stället för en lista över endast attributvärden. Slutligen dra nytta av senaste förbättringarna, utkast element återgår direkt en TimeInterval typ i stället för en lista över skivor. Metoder med "Slice" har bytt namn till "Interval" för konsekvensens skull.
• Lägg till dynamiska typer till attribut API. Dynamiska typer lagra värden med ett tidsintervall och fråga kan anpassas med uppskattning. Alla dynamiska typer ärver från DynamicType
• Graph API event management förbättringar. Den GraphEvent har nu exakta händelser, inklusive ADD_NODES, REMOVE_NODES, ADD_EDGES, REMOVE_EDGES och VISIBLE_VIEW. En ny GraphEventData gränssnittet har skapats för att hämta element i samband med händelserna.
• Exportera API refactoring, inspirerad av ImportAPI. Skapa ett ExporterBuilder gränssnitt för att skapa exportör och olika exportörer: GraphExporter, VectorExporter, ByteExporter och CharacterExporter som täcker vanligaste fallen. Sättet exportörer skriva data har rationaliserats genom att använda antingen java.io.Writer (text) eller java.io.OutputStream (byte). Den ExportController har förbättrats för att stödja alla bruksfall, inklusive fil, författare och ström export.
• Lägg Spigot stöd till ImportAPI och SPI. Liksom DatabaseImporter, är en ny typ av Importörer i SpigotImporter gränssnittet. Ändringar har också göras till ImportController att stödja tapp import.
• refactoring och förbättringar i Importera API och SPI. Det refactoring Målet är att lösa singleton frågan med importörer och låta användare genomföra byggare gränssnitt som skapar importörer instans. Därför en ImporterBuilder gränssnitt har skapats och bör registreras medServiceProvider anteckning. De olika importörer typer har förenklats och lämna fler valmöjligheter till implementeringar om hur ingången hanteras. XML och textfil importörer har slagits samman i en FileImporter gränssnitt, arbetar med java.io.Reader. Utility statiska metoder, till exempel få dokument från Reader kan nu hittas i en ny ImportUtils klass. Den ImportController har förenklats för File import och nu accepterar java.io.Reader också. Den viktigaste förbättringen på dessa moduler i stöd av UI-komponenter för importörer. Syftet är att låta importörer definiera en ImporterUI genomförande för att hantera inställningar av dessa importörer.
• Förbättringar i GraphAPI identifierare förvaltning. Systemet är nu lagring String identifierare som kommer från användarna. Nya get- och set-metoder har skapats i Diagram: Graph.setId (Node, String), Graph.setId (Edge, String), Graph.getNode (String), Graph.getEdge (String). De NodeData.setId () och EdgeData.setId () metoder har tagits bort, kompatibilitet kan inte hållas. Fabriken har också ändras för att göra det möjligt att skapa element med String ID direkt, eftersom det inte längre möjligt att göra det från NodeData.
• Förändringar i AttributesAPI med event management. Uppslagssystemet i AttributeTable har ersatts med en mer traditionell event management system med nya AttributeEvent och AttributeListener gränssnitt. Genomförandet leverans är också nu på en separat tråd.
• Förändringar i Importera moduler till separata kärn och användargränssnitt. Den ImportController nu gör import uppgiften enbart och en ny ImportControllerUI visar den användargränssnitt (Rapport Panel). Den ImportControllerUI gränssnittet ligger i DesktopProject modulen och bör vara användarvänlig att korrekt importera filer från Plugins. De ImportController metoder kan användas från verktygslådan.

Vad är nytt i version 0.7 Alpha 4:

• alfa4 versionen har precis släppts och kommer med en rad nya funktioner och många bufixes. Nästa utgåva bör vara beta och komma med mer stabilitet och en fast uppsättning funktioner.

Vad är nytt i version 0.7 Alpha 3:

• Mer än 25 buggar har åtgärdats i den här versionen , och några små funktioner lagts till. Den version lägger också & quot; Gephi 3rd Party & quot; plugin källa i insticks centrum. Katalog för närvarande läses från både officiella och 3: e parts källor. Två nya moduler har lagts till.

Vad är nytt i version 0.7 Alpha 2:

• Nya funktioner:
• Bättre kant vikt stöd. Vikt ändras inte längre av & quot; Auto-skala & quot; option på Importera.
• Bättre noder / kanter räkning. Räknar enda synliga noder.
• Förbättra Statistik / Metrics inställningar paneler. Lägg till beskrivning och dokumentation om mått och deras inställningar.
• Projekt spara / ladda har korrigerats. Lägg märke till att kompatibilitet med 0.7alpha1 är bruten.
• Fix Autoupdate mekanism. Ytterligare uppdateringar kommer att finnas tillgänglig via inbyggd uppdateringsprogrammet.
• Buggfixar:
• Application frysa när du importerar filen på Linux (bugg 519.423)
• Layout Fönster kan inte återställas när har dockad (bugg 519.424)
• Anner inte syns på Mac OS X och Linux (bugg 522.403)
• Förhandsvisning inte dölja filtrerade element (bugg 522.402)
• Projekt belastning / spara gränssnittet misslyckas (bugg 522.889)
• tom nod etiketten orsakar felaktig felmeddelande under import & quot; unkown nod id & quot; (Bugg 519.254)
• I GDF export, ta bort en kolumn inte bort kommatecken (bugg 519.810)
• I GDF export, är ID-fältet dåligt flydde (bugg 519.820)
• Attribut kantfiltrerings olämpligt uppträdande (bugg 522.771)
• Context uppgifter fungerar inte på oriktad graf (bugg 522.886)
• Dynamisk filter visar 0 nod (bugg 523.128)
• alternativ tag fungerar bara för en bokstav värden (bugg 519.252)

Menyn
• Favoriter, Egenskaper och Produktionen visas i fönstret och kan inte stängas. (Bugg 521.400)
• förbättrade prestanda vid justering av intervallet med musen (bugg 521.939)
• fast bugg när det handlar om dynamiska datatyper andra den dagen (bugg 521.544)
• fast bugg med det visuella fördelningen av graderingar (bugg 521.941)
• Användbarhet:
• Node och Edge växlingsknappen i VizBar har samma verktygstips text
• Rapport Panel (Importera) är vertikalt töjbar
• Uppdaterad moduler:
• DesktopContext
• DesktopBranding
• DesktopHierarchy
• DesktopPartition
• DesktopRanking
• DesktopTools
• VisualizationModule
• DesktopImport
• DesktopLayout
• ProcessorPlugin
• DHNSGraph
• DesktopTimeline
• TimelineAPI
• TimelinePluginUI
• ExportPlugin
• ImportPlugin
• StatisticsPluginUI
• GraphAPI
• ExportPluginUI
• PreviewImpl
• DesktopPreview
• FiltersPlugin
• ImportAPI
• DesktopFilters
• ProjectAPI

Vad är nytt i version 0.7 Alpha:

• Gephi 0.7 alpha-version har släppts och är tillgänglig för testning ändamål. Som 0.7 är en fullständig omskrivning, kommer det att behöva alfa- och betaversioner till frös funktioner och fixa alla buggar.
• Alla återstående 0,6 fel kommer att rensas nu.
• En kompletterande anmärkning om källkoden: Du måste uppdatera Netbeans 6.8 med nuvarande moduler uppdateringar vara förenlig med gällande repositiory
.

Vad är nytt i version 0.6 Beta 3:

• Bugs relaterade till 0,6 serie har rengjorts. Vi organiserar oss för att göra det klart för 0,7 utveckling.
• Faktum är att 0,7 är helt nytt jämfört med 0,6, så buggar inte är kopplade och 0,6 Utvecklingen stoppas.
• Därför det enda man kan göra är att vänta på 0,7 alfa kommer.
• Självfallet buggar rapporter fortfarande existerar och vi tar stor omsorg att inte upprepa samma misstag 0,7.

Krav :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment
• OpenGL