relax

slappna av är en öppen källkod och fritt distribueras programvaruprojekt som har utformats för att studera molekyldynamik genom att analysera experimentella NMR-data, som stöder organiska molekyler, RNA, proteiner, socker, DNA, och många andra biomolekyler.

koppla stöder flera NMR-teorier, genomför olika data analysverktyg som modulära komponenter, och det kan samverka med andra program, såsom Dasha och Modelfree. Dessutom stöder det ett brett spektrum av NMR teorier, innehåller flera verktyg för dataanalys, tillåter användare att visualisera data, samt att interagera med andra program.

Trots att programmet kommer med både en CLI (Kommandoradsgränssnitt) och GUI (Graphical User Interface) front-end flera tredjeparts grafiska användargränssnitt (GUI) finns för att slappna av.

Bland de som stöds typer av analyser, koppla klarar relaxationsdispersion, konsekvens testning av flera fält NMR (Nuclear Magnetic Resonance) uppgifter avkoppling, N-state-modellen och ramorder, modell fria analys, R1 och R2, NOE, RSDM (Reducerad Spectral Density Mapping), såväl som stereokemi undersökningar.

För att automatisera dataanalysprocessen, är det möjligt att skapa mycket komplexa skript med hjälp av byggstenar. För detta utvecklarna ger olika exempelskript som hjälper dig att förstå manuset konstruktion och lättare skapa din egen.

Titta under huven, kan vi märka att programmet är skrivet helt i programmeringsspråket Python och använder plattformsoberoende Qt GUI verktygslåda för sin grafiska användargränssnitt, vilket betyder att det körs på Linux, Microsoft Windows och Mac OS X operativsystem.

Programmet är tillgängligt för nedladdning som binära arkiv för många GNU / Linux operativsystem, stöder både 32-bitars (x86) och 64-bitars (x86_64) instruktionsuppsättning arkitekturer, liksom en källa tarball.

Vad är nytt i den här versionen:

• Funktioner:
• Många förbättringar för sammanställningen av HTML-versionen av slappna av handboken.
• Uppdaterad slappna att eliminera alla FutureWarnings från numpy & ge; 1,9, att framtidssäkra koppla mot kommande förändringar numpy beteende.
• Möjlighet att hantera replik R2, eff datapunkter av relax_disp.r2eff_read användarfunktion, men att lägga 0,001 till frekvensvärdet för den replikerade punkten.
• En ny exempelskript för att ladda en modell fria resultat fil och back-beräkna uppgifter avkoppling.
• Förbättringar för hantering av PDB strukturella data.
• Genomförande av structure.pca användarfunktion för att utföra komponentanalyser princip (PCA) i en ensemble av strukturer.
• Tillägg av ett skript för snabb utbyggnad på Google Cloud Computing infrastruktur.
• Ändringar:
• Fix för den stela ramen för modell 2nd grad ram ordermatrisen i manualen. Fel symbolen används.
• Tog bort de newparagraph och newsubparagraph definitioner från LaTeX manual. Dessa orsakar konflikter med latex2html förhindrar HTML-versionen av handboken från sammanställs. Dessa definitioner är onödigt för den nuvarande uppsättningen av snitt i manualen.
• Modifierad de korta bildtexter i den nya ram modeller kapitlet i handboken. Den runor A> Z karaktär har ersatts genom att helt enkelt "Daeg". Detta beror på oförenlighet med latex2html som hindrar HTML-handboken från sammanställs.
• Borttagning av definitionen av en fast bredd tabellkolumn från LaTeX manuella ingressen. Detta är nödvändigt eftersom definitions raster latex2html kompatibilitet, vilket orsakar en korruption i figuren numrering resulterar i bilderna i HTML vara väsentligen randomiserade.
• Borttagning av accenter paketet för att tillåta HTML-handboken skall sammanställas. Den accenter LaTeX-paketet är inte kompatibel med latex2html, så det enklaste fix är att eliminera paketet.
• roteras manuellt ramen för matriselement EPS manuella siffror, för latex2html kompatibilitet. Den '90 roterar "kommando har tagits bort och markeringsramen permuterade som a b c d - & gt; b -c d -a. Detta gör att vinkeln argument i include {} kommando som ska tappas, eftersom latex2html inte erkänna detta. Det gör att siffrorna ska vara synlig i HTML-versionen av manualen.
• Redesign av ramen för parametersatsbord i manualen för latex2html kompatibilitet. Tabellen använder tikz paketet, som är dödlig för latex2html, även om den inte används. Därför tabellen i docs / latex / frame_order / parameter_nesting.tex fil har omvandlats till en fristående Latex dokumentet för att skapa en beskuren postscript version av tikz formaterad tabell. En sammanställning skriptet har lagts till som väl. Den resulterande * .ps fil ingår nu i PCS numerisk integration sektion, snarare än det här avsnittet skapar tikz tabellen. All tikz ingressen text har tagits bort för att tillåta latex2html köra.
• Lösning för latex2html inte att kunna hantera den allrunes paketet eller associerade teckensnitt. I ingressen htmlonly miljö, är ramordern symboler omdefinieras med hjälp av text "Daeg" i stället för runor karaktär A> Z.
• Korrigeringar för under och upphöjda i handboken. Detta medför {} runt alla under och upphöjd textrm {} instanser. Detta behövs inte för PDF-versionen av handboken som saknade fäste problemet undviks, men det påverkar HTML-versionen av handboken sammanställts av latex2html, vilket kräver korrekt notation. Korrigeringar är för både den nya ramen för kapitel samt kapitel relaxationsdispersion.
• Redigera och fixar för koppla 4.0.0 del av förändringarna filen.
• Uppdaterad och förbättrat wiki instruktionerna i slappna släppa checklista dokument.
• En mer wiki instruktioner om kontroll av döda länkar i checklistan handling.
• Mer smärre ändringar i "Meddelande" avsnittet av checklistan handling.
• Uppdaterade script för att hitta duplicerade titlar i latexen filer i handboken.
• konverterat duplikat titeln hitta script i ett Python-skript. Python-skriptet är långt mer avancerade och använder en annan logik för att producera en tabell över replikerade titlar och deras räkning. Manuset returnerar också en misslyckad slutstatus när replikat förekommer.
• konverterat replike titeln hitta Python skript för att använda en klasstruktur. Detta gör det möjligt för skriptet som ska importeras som en modul. Konstaterandet replikera har flyttats till ett fynd () klassmetod.
• Omdöpt den kopia titel hitta skript.
• Tog bort dubbletter LaTeX titel hitta script. Detta är nu hanteras av betydligt mer avancerade Python-skript.
• scons sammanställning av handböcker PDF och HTML kontrollerar nu för replikerade titlar. En ny replicate_title_check mål har lagts till scons skript. Detta anropar find () metod för konstaterandet titel script replikera LaTeX för att avgöra om några titlar replikeras, och om så scons målekon med sys.exit (1) samtal. Detta mål är satt till början av user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons mål. Resultatet är att handboken inte kan kompileras om upprepade titlar finns, tvingar titlar ändras. Resultatet kommer att bli att de HTML-sidor alla kommer att vara unik, eftersom replikerade titlar resulterar i endast en HTML-sida håller på att skapas för alla avsnitt.
• Eliminering av replikerade titlar i latexen källor som de nya ramorder kapitel införs.
• Borttagning av en gammal replik titel i latex källor för handboken. Detta är titeln "Model-fri analys" som används för hela kapitlet specifik analys samt för modellen fria analys delen av värden, övertoningar och Hessians för optimering kapitel.
• fixar och förbättrad utskrifter för replicate_title_check scons mål.
• Uppdaterad alla slappna av för att skydda mot framtida förändringar som sker i numpy Python paket. Från numpy version 1,9, den FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: jämförelse med 'None` kommer att resultera i en jämförelse elementvis objekt i framtiden. ses i en stor andel av alla slappna av användarfunktioner. Detta fångas och förvandlas till en RelaxWarning med samma budskap. Frågan är att beteendet hos jämförelse operatörerna == och! = Kommer att förändras med framtida numpy versioner. Dessa har ersatts med är och inte hela slappna kodbas. Förändringar har också gjorts i minfx och bmrblib paket för att matcha.
• Mer framtida skydd mot numpy förändringar. Den FutureWarning är `rank` är föråldrat; använder det så kallade ndim` attribut eller funktion istället. rangen av en matris se `numpy.linalg.matrix_rank` att hitta. Därför N-tillståndsmodell målfunktionen metod paramag_info () har uppdaterats för att använda .ndim attribut och längre användning numpy.rank () funktion.
• Skapade Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids systemtest. Detta är utformad för att fånga bugg # 23933, den "NameError: globala namn" ids inte definieras "problem vid laddning av data avkoppling. En stympad version av PDB fildata och avkoppling, är fullständiga versioner av vilken bifogas felrapporten, som enbart består av rester 329, 330 och 331 har lagts till testsvit delade datakataloger, och systemtestet skrivs till fånga NameError.
• Uppdaterade Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids systemtest för att fånga RelaxMultiSpinIDError. Detta gör det möjligt för systemtest för att passera, såsom en RelaxMultiSpinIDError förväntas.
• Uppdaterade minfx och bmrblib versioner i checklistan handling till 1.0.12 och 1.0.4. Detta är att ta bort numpy FutureWarning meddelanden om == Ingen och =! Inga jämförelser med numpy datastrukturer, som i framtiden kommer att ändra beteende.
• Ökad Gna! nyhet sektione djup i checklistan handling.
• Utökad beskrivningen av sequence.attach_protons användarfunktion. Detta följer av http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
• Inkom initiala data för testdata från Paul Schanda. Detta kommer att visa att det finns flera möjligheter att förbättra R2, eff punktsmetoden.
• Lagt till Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 systemtest. Detta kommer att fånga utlåning av nan värden.
• Made ytterligare kontroll i sekvens läsning, att nan värden hoppas över.
• Att se till att den replikerade 4000 Hz punkten för 950 MHz experimentet inte skrivs över.
• I Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 systemtest, lagt ett test av räkna R2, EFF värden. Detta visar att den replikerade R2 är eff vid 950 MHz / 4000 Hz punkt över. En lösning skulle kunna vara att ändra dispersionen frekvensen mycket litet, för att tillåta tillägg av datapunkten.
• Inkom ytterligare tester för att Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Detta kommer att visa att replikerar av R2, är eff värden inte hanteras väl.
• I funktionen av r2eff_read i datamodul av dispersionen, tillsätts möjligheterna att läsa R2, eff värden som replikeras. Detta görs först kontrollera om spridningen nyckel finns i R2, eff ordboken. Om det finns, fortsätter lägga 0,001 till frekvensen tills en ny möjlighet finns. Detta bör bidra till att hantera flera R2, eff punkter som separata värden och inte tar något beslut om att i genomsnitt dem.
• Lade till förväntningar om att höja ett koppla fel, om att försöka rita och ingen modell information lagras.
• Att höja ett fel om att rita spridningskurvor, och ingen modell sparas.
• Ändrad exempelskript för att analysera data.
• Utökad den Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 systemtest för att inkludera automatisk analys och klustrade passar. Detta bör visa att analysen är nu möjligt.
• Lade till en tillfälligt tillstånd och ett skript för GUI inställning till data Paul Schanda.
• Lade till Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testet. Detta kommer att visa att du laddar ett tillstånd kommer att skapa ett problem. Spårnings (senaste samtal sist): Typfel:. Int () argumentet måste vara en sträng eller ett nummer, inte "NoneType"
• Lade till en exempelskript för back-beräkna avkoppling data från en modell fria resultat fil. Detta är användbart när resultatfilen är inte den slutliga modellen, eftersom dessa resultat fil inte innehåller back-beräknade data. Detta är ett svar på Christina Möller supportbegäran # 3303.
• Använda Garys lib.float.isNaN () i stället för math.isnan (), för att ha bakåtkompatibilitet med python 2,5.
• Fix för stavfel och dokumentera nya beteende relax_disp.r2eff_read, när man läser R2, eff punkter med samma frekvens. Om spin-behållaren innehåller redan R2, EFF värden med "frekvensen för CPMG puls" eller "spin-lås fältstyrkan", kommer frekvensen ändras genom ett oändligt litet värde på + 0,001 Hz. Detta tillåter efter dubbletter eller flera av samma frekvens.
• Ändrad den interna struktur objektet som skall påverkas mindre av formatet på PBF. PBF serienummer är nu intelligent hanteras, i det att den återställs till ett när en ny modell skapas. Denna information fortfarande hålls för att bära upp logiken i läsningen av CONECT register, och kommer att elimineras i framtiden. Kedjan ID-informationen är nu inte längre lagras i det interna strukturella föremål, eftersom denna information återskapas av structure.write_pdb användar funktion baserad på hur den interna struktur objektet har skapats.
• Uppdateringar till Noe och struktur systemet provklasser för de interna strukturförändringar objekt. Serienumret kan nu återställas, och kedjan ID-informationen inte längre lagras.
• Lade till en fil till testsviten delade data för att genomföra PCA strukturanalys. Detta är den N-domänen av CaM-IQ-komplex som används i en ram för analys. Det är de första 5 strukturer från ett anrop till frame_order.distribute användarfunktion, med de olika stela kropparna samman ihop till en enda molekyl.
• Skapade structure.pca användarfunktionen front. Detta är för närvarande bygger på ramen structure.rmsd användarfunktionen.
• Grundläggande genomförande av structure.pca användarfunktionen bakändan. Detta är det nya partnerskaps- och samarbetsavtalet () funktion pipe_control.structure.main modulen. Den utför helt enkelt en del kontroller, monterar atomkoordinater, och överför styrningen till relaxbiblioteks pca_analysis () funktion för närvarande inte genomförts lib.structure.pca modul.
• Delvis genomfört av PCA analys i relax biblioteket. Detta är för det nya structure.pca användarfunktion. Den lib.structure.pca Modulen har skapats, och pca_analysis () funktionen skapades för att beräkna struktur kovariansmatrisen, via calc_covariance_matrix () funktion, och sedan beräkna egenvärden och egenvektorer av kovariansmatrisen, sortera dem och trunkering till önskat antal PCA lägen.
• Added algoritmen och num_modes argument till structure.pca användarfunktion. Dessa förs hela vägen in relax biblioteket backend.
• Genomfört SVD algoritmen för PCA analys i relax biblioteket. Detta kräver helt enkelt numpy.linalg.svd ().
• PCA analys i relax biblioteket beräknar nu per struktur projektioner längs datorer.
• PCA analysfunktionen i relax biblioteket nu återvänder data. Detta inkluderar PCA värden och vektorer, och per struktur prognoser.
• PCA värden och vektorer, och per struktur prognoserna nu lagras. Detta är i det structure.pca användarfunktion backend i pipe_control.structure.main modulen.
• Lade till format och dir argument till structure.pca användarfunktion. Detta är på framsidan och baksidan slut.
• ändrat assemble_structural_coordinates () för att returnera mer information. Detta är från pipe_control.structure.main modulen. Den förteckningarna boolean argument är nu accepterat som gör att funktionen för att ytterligare återställa objektet presentationslistan per molekyl, modellnummer listan per molekyl, och molekylen namnlista per molekyl.
• structure.pca användarfunktion skapar nu grafer av PC prognoser. Detta inkluderar PC1 mot PC2, PC2 vs. PC3, etc.
• La till gromacs PCA resultat för distribution.pdb filen. Detta inkluderar ett skript som används för att utföra alla delar av gromacs och alla utgående filer.
• Uppdaterade gromacs PCA resultat för den senaste 5.1.1 gromacs version.
• Skapade en initial Structure.test_pca systemtest. Detta utför nya structure.pca användarfunktion, och kontrollerar om data lagras i cdp.structure.
• Förbättrad graferna i backend av structure.pca användarfunktion. Kurvorna är nu grupperade så att olika modeller av samma struktur i samma dataledningen är inom en graf set. Grafen huvudet har också förbättrats.
• Vi utökar Structure.test_pca systemet test kontrollerar att jämföra värdena från gromacs.
• Ett vägt medelvärde struktur kan nu beräknas. Detta är för det calc_mean_structure () funktion av de slappna biblioteksmodul lib.structure.statistics. Vikter kan nu levereras för varje struktur för att möjliggöra ett viktat medelvärde ska beräknas och returneras.
• Stöd för observatörs strukturer i structure.pca användarfunktion. Detta medger att en undergrupp av de strukturer som används i PC-analys för att ha noll vikt så att dessa strukturer kan användas för jämförelseändamål. De obs_pipes, obs_models och obs_molecules argument har lagts till användarfunktionen fronten. Backend använder detta för att skapa en rad vikter för varje struktur. Och lib.structure.pca funktioner använder noll vikter för att avlägsna observatörs strukturer från PC-läge beräkningar.
• Skapade Structure.test_pca_observers systemtest. Detta är för att testa den nya observatörsstrukturer begreppet structure.pca användarfunktionen.
• Förbättrad utskrifter från biblioteket huvudkomponenten analysen slappna av. Detta är i det pca_analysis () funktion av lib.structure.pca modulen.
• Korrigeringar och förbättringar för diagrammen som produceras av structure.pca användarfunktion. De olika uppsättningarna nu korrekt skapas, och nu märks i diagrammen.
• Lägga till ett test distribuera skript för snabb utbyggnad på Google Cloud Computing. Detta är för en planerad installation i Ubuntu 14.04 LTS.
• Expanderande skript för installation.
• Att sätta installation i funktioner i driftsätta skript.
• Uppdelning distribuera skript i flera små funktioner.
• Lägga kontroll uttalanden att installera skript.
• När sourcing skript kan utföras i stället. Flera funktioner
• tillagda mellanslag för att installera skript för bättre utskrift.
• Lägga till en handledning script.
• Sätta 2 handlednings skript.
• Fix för små spin ID fel i handledning script.
• Skapade en systemtest för att fånga bugg # 24131, den BMRB export fel när SpinContainer objektet har ingen S2 attribut, som rapporterats av Martin Ballaschk.
• Ändrade Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition systemtest för att kontrollera den RelaxError. Testresultaten i RelaxError, eftersom resultatfilen innehåller inga valda snurrar.
• Lagt till Mf.test_bug_24131_missing_interaction systemtest för att fånga ett annat problem. Detta är en del av bug # 24131, den BMRB export misslyckande med SpinContainer objektet har ingen S2 värde. Men tidigare fix att hoppa avmarkerade snurrar infört ett nytt problem av avkoppling fortfarande söka efter interatomära interaktioner för att bortvald spinn.
• Buggfixar:
• Replike titlar i HTML-versionen av slappna av handboken, och därmed replikerade filnamn HTML överskrivning tidigare avsnitt, har eliminerats.
• Fix för bug # 23933, den "NameError: globala namn" ids inte definieras "problem vid laddning av data avkoppling. Felet infördes i november 2014 och beror till viss ofullständig felhantering kod. Problemet är att spinn typ som avkoppling uppgifterna tillhör (@N vs @H) inte har angetts. Nu den korrekta RelaxMultiSpinIDError höjs. IDS variabel fanns inte. - Det var kod som var planerad att läggas till, men aldrig var och glömdes
• Fix för CSA konstant ekvationen i modellen fria kapitlet i handboken. Detta upptäcktes av Christina Möller och rapporteras på slappna användarna sändlistan.
• Bug fix för lagring av XML strukturella objektet i staten och resultatfiler. Tidigare eventuella föremål som läggs till cdp.structure (eller någon struktur föremål) inte skulle räddas av den strukturella objekt to_xml () -metoden om funktionen är uttryckligen modifieras för att lagra det objektet. Nu alla objekt som finns kommer att konverteras till XML.
• Fix för relaxationsdispersion analys i det grafiska gränssnittet, som fångas av Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI testet. När du laddar från ett skript tillståndsfil, kan värdet på None vara närvarande. Detta är nu inställda på standardvärden.
• Fix för löpning koppla på en server utan grafisk display och använda matplotlib. Felet visade sig med Relax_disp.test_repeat_cpmg systemtest. Och felet genereras var: QXcbConnection: Kunde inte ansluta till visas. Avbryts (kärna dumpas). Backend av matplotlib måste ändras. Detta beskrivs exempelvis i: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display och http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
• Modifierad beteende bmrb.write användarfunktion backend för en modell fritt analys (fix för bug # 24131). Detta är i bmrb_write () för modellen fria analys API. Avmarkerade spins nu hoppas över och en kontroll har lagts till vara säker på att snurra data har samlats.
• En annan fix för bug # 24131, den BMRB export fel när SpinContainer objektet har ingen S2 attribut. Nu ingen data lagras i BMRB filen om en modell fritt modell inte har inrättats för spinn. Detta gör det möjligt för testsvit att passera.
• Bugfix att låta Mf.test_bug_24131_missing_interaction systemtest att passera. Detta är en del av bug # 24131, den BMRB export misslyckande med SpinContainer objektet har ingen S2 värde. Problemet var när montering av diffusion tensor data. Den spin_loop () funktionen kallas, eftersom diffusion tensor redovisas för alla rester. Därför skip_desel = True har lagts för att matcha den modellfria delen.

Vad är nytt i version 4.0.0:

• Funktioner:
• Den sista, fullständig och korrekt genomförande av ramen ordningens teori för att studera stelkroppsrörelser. Detta är för närvarande för att analysera RDC och PCS data från internt inriktade system.
• Ändringar:
• Deletion av frame_order.average_position användarfunktion och alla tillhörande backend koden. Den här användaren funktion får användaren att specificera fem olika typer av förskjutning av den genomsnittliga rörliga domänläge: en ren rotation, utan översättning, om sväng av rörelsen i systemet; en rotation kring sväng av rörelsen av systemet tillsammans med en översättning; en ren översättning utan rotation; en vridning kring centrum av massan av den rörliga domän med ingen översättning; en vridning kring centrum av massan av den rörliga domänen tillsammans med en översättning. Nu det sista alternativet kommer att vara standard och enda alternativet. Det här alternativet motsvarar standardlagring algoritm (det Kabsch algoritm) till en hypotetisk struktur på den faktiska genomsnittliga position. De övriga fyra är på grund av historien om utvecklingen av teorin. Dessa begränsa användbarhet av teori och kommer bara att leda till förvirring.
• Rent upp av ramen för målfunktionen kod. Detta överensstämmer med tidigare ändring av strykningen av frame_order.average_position användarfunktion. Förändringarna omfatta avlägsnande av översättnings optimering Meddela som detta nu alltid utförs, och avlägsnandet av den flagga som orsakar den genomsnittliga domän rotation vridpunkt för att matcha rörelsevridningspunkten eftersom dessa nu permanent frikopplat.
• Alfabetisk beställning av funktioner i lib.frame_order.pseudo_ellipse modulen.
• Utslagen alla "linje" ramorder modeller, eftersom de inte genomförs ännu. Detta är bara frontend kod -. Backend existerar inte
• Uppdaterade isotropiska kon CaM ramorder testmodell optimering manus. Grund av att alla de förändringar i ramen för analys, den gamla skriptet var inte längre fungerar.
• Skapad ett skript för Cam ram för testmodeller för att hitta den genomsnittliga domänläget. Eftersom rotation kring en fast vrid har eliminerats, övergången från 1J7P_1st_NH_rot.pdb till 1J7P_1st_NH.pdb måste omvandlas till en translation och rotation om COM. Detta skript kommer att användas för att ersätta den pivotrotering Euler vinklar med översättningsvektor och Com rotations Euler vinklar. den structure.superimpose användarfunktionen kommer dock att behöva ändras för att hantera både standardtyngdlagring samt en COM lagring.
• Uppdaterade CaM ramordern testmodell lagring manus. Den structure.superimpose användarfunktionen nu korrekt kallas. Utgången loggfil har lagts till förvaret, eftersom det innehåller den korrekta översättningen och Euler rotation information som behövs för testmodeller.
• Parameter uppdatering för den isotropiska kon CaM ramorder testmodell optimering manus. Eulers vinklar för rotation kring rörelsesväng har ersatts av översättnings vektor och Euler vinkel CoM rotationsparametrar.
• Fix för ett antal av de ram ordermodeller som inte har parameterbegränsningar. Den linear_constraint () funktionen återvände A, b = [], [] för dessa modeller, men dessa tomma numpy arrayer orsakade den minfx biblioteket för att misslyckas. Dessa värden är nu fångas och begränsningsalgoritmen avstängd i () specifika API metod minimera.
• Ökad precisionen i alla data i CAM ramordern testdata generation bas script. Dessa har alla omvandlats från float16 till float64 numpy typer.
• Fix för fel inställning RDC i CAM ramordern testdata generation bas script. Den rdc_err datastrukturen ligger i interatomära uppgifter behållarna, inga spin behållare.
• Ändring av strukturen lastdelen av kammen ramordern dataframställning bas script. Strukturerna är nu endast laddas om DIST_PDB flaggan är satt, eftersom de endast används för att generera 3D-fördelning av strukturer. Detta sparar mycket tid och datorminne.
• Huge uppsnabbning av kammen ramordern testdata generation bas script. Genom att använda flerdimensionella numpy arrayer för att lagra atom positioner och XH enhetsvektorer alla snurrar, och utföra rotationer på dessa strukturer med hjälp av numpy.tensordot (), beräkningarna är nu en faktor 10 gånger snabbare. Framstegsmätaren måste ändras för att visa varje 1000 snarare än 100 iterationer. Rotation av positionerna och vektorer utförs nu i tur och ordning, av misstag fastställa en bugg med dubbla rörelsemodeller (dvs "double rotor modell).
• Modifierad CaM ramordern testdata generation bas skript för att spara datorns RAM. XH vektorn och atom läge datastrukturer för alla N rotationer är nu i numpy.float32 snarare än numpy.float64 typ. Den största förändringen är att beräkna de genomsnittliga regionala distributionsföretag och i genomsnitt PCS separat, ta bort N stora datastrukturer när datafilerna skrivs.
• Komplett redesign av kammen ramordern dataframställning bas script för hastighet och minnesbesparingar. Även den roterade XH obligations vektor och atompositionskoden var mycket snabb, den mängd minne som krävs lagra dessa i spin behållare och interatom uppgifter behållare var enorm när N & gt; 1E6. De efterföljande rdc.back_calc och pcs.back_calc användarfunktionsanrop skulle också ta alldeles för lång tid. Därför grund skriptet har omarbetats. Den _create_distribution () -metoden har delats upp i fyra: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), och _pipe_setup (). Den _pipe_setup () anropas först ställa in dataledningen med alla nödvändiga uppgifter. Då _calculate_rdc () och _calculate_pcs () metoder, och slutligen _create_distribution () om DIST_PDB flaggan är satt. Samtalen till rdc.back_calc och pcs.back_calc användarfunktioner har eliminerats. Istället _calculate_rdc () och _calculate_pcs () metoder beräkna genomsnitt RDC och PCS själva som numpy matrisstrukturer. Istället för att lagra den enorma roterade vektorer och atom positioner datastrukturer, är regionala distributionsföretag och PCS summeras. Dessa divideras sedan med self.N i slutet genomsnitt värdena. Jämfört med den gamla koden, när N är satt till 20 miljoner RAM Förbrukningen minskar från ~ 20 GB till ~ 65 MB. Den totala körtiden minskas också på ett system från några dagar till några timmar (en order eller två storleksordning).
• Ändrad framstegsmätaren uppdatering för CaM ramordern testdata generation bas script. Spinnaren var alldeles för fort, uppdatering var 5 steg, och nu uppdateras varje 250. Och det totala antalet är nu bara ut var 10.000 steg.
• Förbättringar av framstegsmätaren för CaM ramordern testdata generation bas script. Kommatecken nu ut mellan tusentals och siffrorna är nu högerställda.
• Stor ökning i noggrannheten hos RDC och PCS medelvärdes. Detta är för CaM ramordern testdata generation bas script. Genom att summera de regionala distributionsföretag och PCS i 1D numpy.float128 arrayer (för detta är en 64-bitarssystem krävs) och sedan dividera med N i slutet, kan medelvärdet beräknas med en mycket högre noggrannhet. Som N blir större, introducerar den numeriska genomsnitt större och större mängder av trunke artefakter. Så denna förändring minskar detta.
• Fix för RDC och PCS i genomsnitt i CAM ramordern testdata generation bas script. För dubbelrotormodell, eller någon multipel rörelseläge modell, medelvärdes var felaktig. Istället för att dela med N, bör de värden divideras med N ^ M, där M är antalet rörelselägen.
• Stor ökning i precision för Cam ramorder fri rotormodell testdata. Den högre precision beror på att antalet strukturer i fördelningen är nu tjugo miljoner snarare än en miljon, och mycket högre precision numpy.float128 genomsnitt av den uppdaterade dataframställning bas script har använts. Dessa uppgifter bör möjliggöra en mycket bättre uppskattning av beta- och gamma genomsnittlig domän läge parametervärden för de fria rotormodeller som påverkas av kollapsen av alfa parametern till noll.
• Stor ökning i precision för Cam ramorder dubbel rotormodell testdata. Den högre precision beror på att antalet strukturer i fördelningen är nu över tjugo miljoner (4500 ^ 2) snarare än en kvarts miljon (500 ^ 2). Och mycket högre precision numpy.float128 genomsnitt av den uppdaterade dataframställning bas script har använts.

• Ändringar:



• Buggfixar:

• Ändringar:












































































































D.v.s.

Vad är nytt i version 3.3.4:

• Ändringar:






































































• Buggfixar:

• Ändringar:





















































• Buggfixar:

• Ändringar:








































































































































• Buggfixar:

Vad är nytt i version 3.3.1:

• Ändringar:












































































































































































































































• Buggfixar:

Vad är nytt i version 3.3.0:

• Ändringar:

Vad är nytt i version 3.1.5:

• Ändringar:




• Buggfixar:

• Ändringar:
























• Buggfixar:

Vad är nytt i version 3.1.3:

• Ändringar:

Vad är nytt i version 3.1.2:

• Ändringar:













• Buggfixar:

Vad är nytt i version 3.1.1:

• Ändringar:

• Ändringar:


































































- & Gt;

• Ändringar:























































• Buggfixar:

Vad är nytt i version 3.0.1:

• Ändringar:







































































































• Buggfixar:

• Ändringar:





























































































































































































































































































































• Buggfixar:

• Ändringar:










































• Buggfixar:

• Ändringar:

Vad är nytt i version 2.2.3:

• Ändringar:














































































































































• Buggfixar:

Vad är nytt i version 2.2.2:

• Ändringar:


























• Buggfixar:

Vad är nytt i version 2.2.1:

• Ändringar:









• Buggfixar:

• Ändringar:




















































































































• Buggfixar:

Vad är nytt i version 2.1.2:

• Ändringar:

Vad är nytt i version 2.1.1:

• Ändringar:


















































































































































• Buggfixar:

Vad är nytt i version 2.1.0:

• Ändringar:




































































































































• Buggfixar:

Vad är nytt i version 2.0.0:

• Ändringar:

Vad är nytt i version 1.3.15:

• Ändringar:


• Buggfixar:

Vad är nytt i version 1.3.9:

Vad är nytt i version 1.3.6:

Krav :

• Python