SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter är ett grafiskt Python verktyg för att interaktivt segmentbild högar av celler i vävnad med kant-etiketter & nbsp (aka vita konturer.),. De interaktioner helt baserat på redigering av frön, som i sin tur är expanderat genom en vattendelare algoritm. Den stora skillnaden mellan SWS och andra verktyg är att du kan placera mer än ett frö per cell som kan hjälpa dig att justera gränserna för svåra celler.
SWS är byggt ovanpå wxPython, matplotlib, numpy, SciPy och mahotas.
Kärnan, använder den en blixtsnabb vattendelare algoritm (tack vare mahotas projektet) och tillåter uppdateringar i realtid. Den har en enkel (om rörig) UI och är helt interaktiv, även inklusive 1-nivå ångra.
Publikationen om SWS som ger alla dessa detaljer och fler i Cytometry Del A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Källkod speglas till fyra arkiv och PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Google Code sida har också några binära releaser (http://code.google.com/p/seedwater/) som ska arbeta med 32-bitars Windows eller 64-bitars Linux, men dessa är nu gamla. Använd "easy_install" metoden nu.
För mer information, se Python Installera Instruktioner 20XX.txt Du kanske också vill läsa manualen: SeedWater Segmenter V xx manual.txt
Installera och köra
Installera är ÄNTLIGEN lätt!
I själva verket kan du nu "easy_install SeedWaterSegmenter"
Snabb instruktioner:
Windows / Mac:
& Nbsp; Installera Enthought Python Distribution http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; sudo apt-get install python-setuptools python-wxtools python-numpy python-SciPy python-matplotlib python-imaging python-XLRD python-xlwt
I ett cmd fönster (måste köras som administratör i Windows Vista / 7) eller Terminal (Mac / Linux), kör:
& nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Detaljerade instruktioner:
Den senaste versionen heter:
"Python Installera Instruktioner augusti 2012.txt"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Installera Instruktioner augusti 2012.txt

Krav :

< li> Python