Den Spindel är en alternativ metod för biologisk identifiering baserat på längden av ribosomalt RNA (rRNA) genregioner. I allmänhet, anpassningar av primära rRNA gensekvenser från olika arter visar alternerande regioner nukleotid bevarande och variation, både när det gäller nukleotidsubstitutioner (vanligen kallade "SNP") och insättning / borttagning (Indel) händelser. Närvaron av InDels resulterar i sekvenser av olika längd och införs luckor i anpassningen, typiskt betecknade med ett bindestreck "-".
Vårt koncept för biologisk identifiering använder rRNA gensekvenser enligt följande: konserverade regioner används för att definiera variabla segment ("Spindel hypervariabla regioner"), i vilken en kombination av sekvenslängder är kännetecknande för varje art (en "Spindel profil"). Sålunda kan varje art kan definieras genom en unik numerisk profil.
I teorin är en undersökning av bara 6 hypervariabla regioner med 20 alleler vardera (eller 11 regioner med 5 alleler vardera) tillräckligt för att diskriminera alla eukaryota arter på jorden, som beräknas vara mellan 5 och 15 miljoner till antalet. I praktiken är Spindel kunna diskriminera 93,3% av eukaryota arter med låg intraspecifika variationer och hög fylogenetisk upplösning.
Kommentarer hittades inte