STEPS

STEG är ett paket för exakt stokastisk simulering av reaktion-diffusion system i godtyckligt komplexa 3D geometrier. Vår kärn simulering algoritm är en implementering av Gillespies SSA, utvidgas för att hantera diffusion av molekyler över elementen i en 3D tetrahedral nät.
Även om det främst utvecklats för att simulera detaljerade modeller av neuronala signalvägar i dendriter och runt synapser, det är ett generellt verktyg och kan användas för att studera eventuella biokemisk väg där rumsliga gradienter och morfologi tros spela en roll.
Vi har genomfört STEG som en uppsättning Python-moduler, vilket innebär STEG användare kan använda Python-skript för att styra alla aspekter av inrättandet av den modellen, genererar ett nät, styra simuleringen och generera och analysera utdata. Kärnberäkningsrutiner fortfarande implementeras som C / C ++ utbyggnadsmoduler för maximal snabbhet i utförandet.
. STEG distribueras under GPL v3 licens

Krav :

• Python