Expression2Kinases

Genomvid mRNA profilering ger en ögonblicksbild av den globala tillståndet hos celler under olika förhållanden. Dock inte mRNA-nivåer inte ger direkt förståelse för uppströms regleringsmekanismer. Expression2Kinases (X2K) är en ny metod för att identifiera uppströms tillsynsmyndigheter sannolikt ansvarar för observerade förändringar i genomet hela genuttryck. Genom att integrera Chip-punkter / chip och positions vikt-matriser (PWMs) uppgifter, protein-proteininteraktioner, och kinas-substratfosforylering reaktioner X2K kan användas för att identifiera regleringsmekanismer uppströms genomomfattande skillnader i genuttryck. Tanken är att först sluta de mest sannolika transkriptionsfaktorer som reglerar skillnaderna i genuttryck, sedan använda protein-proteininteraktioner för att ansluta de identifierade transkriptionsfaktorer använder ytterligare proteiner för att bygga transkriptionsreglerings delnät med fokus på dessa faktorer, och äntligen använda kinas substrat proteinfosforylering reaktioner, för att identifiera och rangordna kandidat protein-kinaser som troligen reglerar bildningen av de identifierade transkriptionskomplex. X2K innehåller också verktyg för att utföra gen-lista anrikning analyserar och förutsäga läkemedel som kan vända eller förvärra förändringar i genuttryck. . Den X2K tillvägagångssätt kan öka vår förståelse av cellsignalering och riva droger verkningsmekanismer

Krav :

Java Runtime Environment 6.0