MISO (Blandning av Isoformer) är en probabilistisk ram skriven i Python som kvantifierar uttrycket nivån & nbsp; av alternativt splitsade gener från RNA-Seq data och identifierar differentiellt reglerade isoformer eller exoner över prover.
Genom att modellera den genera process genom vilken läser framställs av isoformer i RNA-Seq använder MISO modell Bayes inferens att beräkna sannolikheten att en läsning härstammar från en viss isoform.
MISO använder härledas tilldelning av läser till isoformer att kvantifiera bestånd av den underliggande uppsättningen av alternativa mRNA-isoformer. Konfidensintervall över uppskattningar kan erhållas, vilket kvantifiera tillförlitlighet uppskattningar.
Se http://genes.mit.edu/burgelab/miso/docs/ för MISO manual och dokumentation
Krav :.
- Python
Kommentarer hittades inte