QuasiRecomb

QuasiRecomb är ett lätt program som körs i kommandokonsolen, simulerar en Markov-modellen för att generera virus kvasispecies. Den beskriver generering av de virala kvasispecies och en metod för att sluta sina parametrar genom att analysera nästa generations sekvenseringsdata. Modellen är validerad på simulerade data, som visar fördelen med explicit ta rekombination processen beaktas, och testas genom att man på läsningar erhållits från experimentella HIV prover. Den erbjuder en implementering av EM-algoritmen för att hitta maximal en efterhands uppskattningar av modellparametrar och en metod för att uppskatta fördelningen av virusstammar i kvasispecies

Krav :.

Java