tigreBrowser

tigreBrowser är en genuttryck modell webbläsare för resultat från tigre R paket (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Installation:
tigreBrowser kräver Python-version> = 2.5. tigreBrowser kan installeras med följande kommando:
python setup.py installera
För mer information om hur du installerar python-moduler (t.ex. installation utan root rättigheter för endast den aktuella användaren), se http://docs.python.org/install/
Starta server
Webbservern i tigreBrowser måste vara igång för att kunna använda det faktiska resultatet webbläsare.
Du kommer att behöva en databasfilen som genereras av tigre R-paketet (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Det här paketet innehåller en testdatabas fil "database.sqlite" som kan användas för att testa tigreBrowser. Den testdatabas genererades med hjälp av instruktioner och exempeldata som ingår i tigre paket.
Execute tigreServer.py att starta det grafiska användargränssnittet för servern. För att starta resultatet webbläsare, måste man först välja en databasfil av vilka resultaten kommer att visas. Detta kan åstadkommas genom att välja "Öppna databasfilen" och välja en databasfilen. Databasfilen får inte ha skrivrättigheter. Servern kan sedan startas genom att klicka på Starta server ". När du klickar visas en etikett under knapparna för att visa webbadressen resultatet webbläsare.
Resultatet webbläsare är nu tillgänglig i webbadressen med hjälp av en vanlig webbläsare. Instruktioner om hur du använder webbläsaren finns i nästa avsnitt i den här handboken. Webbläsaren är tillgänglig förrän servern stoppas med "Stop server" knappen.
tigreServer.py kan också användas med ett kommandoradsgränssnitt. Starta manus med "help" alternativet för mer information.
Använda webbläsare
Dataset urval
Valet dataset avgör vilka resultat kommer att synas i resultatet placering och i vilken ordning. Experimentet set valet används för att välja den uppsättning av experiment. Endast resultat från dessa experiment visas i listan.
Nästa i dataset valet är valet av transkriptionsfaktor (TF) eller fastställda målet, att beroende på om resultatet webbläsare är inställd Rikta ranking läge eller regulator ranking läge (se installation). I mål ranking läget är TF val tillgängliga och resultat lista innehåller resultat för olika mål med de givna TF. I regulatorn ranking läget är målet uppsättning valda och noteringen kommer att visa resultat för olika tillsynsmyndigheter.
Eftersom antalet resultat kan vara hög, kan resultatet delas upp i flera sidor. "Antal gener per sida" val kan användas för att justera antalet visade resultat. Det kan vara bra att minska antalet resultat om sidan laddas långsamt på grund av stort antal bilder.
Slutligen kan i vilken ordning resultaten visade ändras med "Sortera efter" val. Resultaten kommer att sorteras nedåtstigande av den givna kriteriet.
Filtrering
Resultaten kan filtreras genom olika kriterier. Man kan till exempel, visar endast resultat för gener som har z-poängen är högre än ett visst tröskelvärde.
Det är möjligt att kombinera flera kriterier vid filtrering. "[+]" Länken kan användas för att lägga ett annat kriterium. Ett kriterium kan också avlägsnas med hjälp av "[-]" länk (inte visade när det bara finns ett kriterium). När flera kriterier används, till en gen resultat skall uppfylla samtliga kriterier visade i listan.
Filtrering aktiveras med "Tillämpa filter" kryssrutan.
Markera
Om gener i databasen innehåller kompletterande uppgifter, kan resultatet markeras med hjälp av dessa data. De tillgängliga belyser alternativ visade med färgerna i samband med dessa alternativ.
De belyser verk genom att visa färgade rutorna nedan sond namnen i resultatet notering för gener som har kompletterande uppgifter som matchar valet.
Sök
Det är möjligt att söka resultat för de givna gener. Sökningen fungerar genom att skriva kommaseparerad lista med genen eller sond namn sökrutan. Gene alias kan också användas som en sökning posten.
Visar
Resultaten för den givna valet av dataset, filter, höjdpunkter och sökning kommer att visas när knappen "Skicka" klickas. Databasen kommer sedan tillfrågas efter resultat som matchar det givna valet. "Reset" -knappen kan användas för att ta bort alla markeringar och textfält.
Resultaten lista innehåller flera kolumner. I den första kolumnen en sondnamn visas med en GENENAME associerad med sonden. Bredvid genen namn, är genuttryck siffra om en är definierad i databasen. Följande kolumn innehåller de faktiska resultaten för gener. Alla kompletterande uppgifter visas också här. Experimentsiffror kommer att visas vid sidan av resultatvärden.
. Slutligen, experimentparametrar, om det sitter i databasen, kommer att visas som en tabell bredvid siffrorna

Krav :

• Python