POY

POY är en fylogenetisk analys program som har stöd för flera typer av data (t.ex. morfologi, nukleotider, gener och genregioner, kromosomer, och hela genom). POY är särskilt i det att den kan utföra sann anpassning och fylogeni inferens dvs ingångssekvenser behöver inte prealigned. Insättningar, deletioner, och omarrangemang, kan sedan ingå i den totala träd poängen enligt Högsta sparsamhet, eller i modellen enligt Maximum Likelihood. En mängd heuristiska algoritmer har utvecklats för detta ändamål och är implementerade i orienterat polyestergarn.