Swiss-PdbViewer (aka DeepView) är ett program som ger ett användarvänligt gränssnitt som gör det möjligt att analysera flera proteiner samtidigt. Proteinerna kan överlagras för att härleda strukturella anpassningar och jämföra deras aktiva webbplatser eller andra relevanta delar. Aminosyra mutationer, H-obligationer, vinklar och avstånd mellan atomerna är lätt att få tack vare den intuitiva grafiska och menygränssnittet.
Swiss-PdbViewer (aka DeepView) har utvecklats sedan 1994 av Nicolas Guex. Swiss-PdbViewer är tätt kopplat till SWISS-MODEL, en automatiserad homologimodellering server som utvecklats inom det schweiziska institutet för bioinformatik (SIB) vid struktur Bioinformatik koncernen vid Biozentrum i Basel.
Att arbeta med dessa två program reducerar kraftigt mängden arbete som krävs för att generera modeller, eftersom det är möjligt att trä ett protein primärsekvens på en 3D-mall och få en omedelbar återkoppling på hur väl den gängade proteinet kommer att vara godkänts av referensstruktur innan du skickar en begäran om att bygga saknade loopar och förfina side chain packning.
Swiss-PdbViewer kan också läsa kartor elektrondensitet, och ger olika verktyg för att bygga in i tätheten. Dessutom finns olika modelleringsverktyg är integrerade och kommandofiler för populära energiminimering paket kan genereras.
Slutligen, som en särskild bonus, POV-Ray scener kan genereras från den aktuella vyn för att göra fantastiska ray-spåras kvalitet.
Vad är nytt i den här versionen:
- Thymine C6 atomen är nu korrekt laddad
- Fast POV-Ray-utgång oändlig loop på PC-versionen
- Tillfällig kraschen samtidigt spara PDB-filer (t.ex. 2i37) på datorn har fastställts
- Uppdaterad adressen till Uppsala Electron Density Map Server
Kommentarer hittades inte