Ny Bioinformatik För Linux
STEG är ett paket för exakt stokastisk simulering av reaktion-diffusion system i godtyckligt komplexa 3D geometrier. Vår kärn simulering algoritm är en implementering av Gillespies SSA, utvidgas för att hantera diffusion av molekyler över elementen i en...
NEO (Neural Ensemble Objects) och är ett projekt för att ge en gemensam uppsättning basklasser som skall användas i neurala dataanalys, i syfte att få OpenElectrophy, NeuroTools och kanske andra projekt med liknande mål mer nära varandra.Två viktiga mål...
OpenElectrophy är ett ramverk för att underlätta bearbetning, lagring och analys av elektrofysiologiska data. Det kan importera data från många olika filformat och lagra dem i en enda SQL-databastypen.Analysverktyg ingår i OpenELectrophy är oscillation...
Torv är en svit av program för att fånga, förutsäga och analysera biofysiska egenskaper proteiner.Se http://enzyme.ucd.ie/PEAT för dokumentation, instruktioner, skärmdumpar etc Krav :. ...
Burrows-Wheeler Aligner (BWA) är ett effektivt program som anpassar relativt korta nukleotidsekvenser mot en lång referenssekvens som det mänskliga genomet.Programvaran implementerar två algoritmer, BWA-kort och BWA-SW. De tidigare arbeten för...
SSuMMo är ett bibliotek med funktioner som utformats kring iterativt med hjälp hmmer att tilldela sekvenser till taxa. & Nbsp; Resultaten är mycket kommenterade träd som visade arter / genus fördelning inom denna gemenskap.Program som medföljer källkoden...
smörbult är en Python API för läsning av binära datafiler skapas med hjälp datahantering ramverket smörbulten next-gen.Normalt kommer denna katalog som en del av det kompletta smörbulten paketet, tillgänglig från:& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/Det...
PySCeS är ett projekt som utvecklats av Triple-J-gruppen för Molecular Cell Physiology. & Nbsp; för att försöka modell och förstå de komplexa processer och system som utgör den levande cellen Funktioner :. En text baserad modell beskrivningsspråk ...
Pysam är en Python-modul för att läsa och manipulera Samfiles. & Nbsp; Det är en lätt täckblad av samtools C-API.Snabbstartsguiden är här. Mer detaljerad dokumentation finns här.Frågor och kommentarer är mycket välkomna och bör skickas till den pysam...
TRMiner är en Python verktyg som syftar till att vetenskapliga data curatorer. & Nbsp; Det gör att snabbt beskära stora samlingar av vetenskapliga publikationer till meningar som är relevanta för en viss gruv mål.Detta uppnås i två steg. Först texter...
