goby

smörbult är en Python API för läsning av binära datafiler skapas med hjälp datahantering ramverket smörbulten next-gen.
Normalt kommer denna katalog som en del av det kompletta smörbulten paketet, tillgänglig från:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Det kompletta paketet ingår Java källkod. Om du har hämtat paketet från PyPI eller någon annan Python-specifik källa, kan du ha fått bara Python del av koden.
Utveckling Varning
De Goby Python biblioteken är inte lika mogna som genomförandet Java. Det kan vara mer buggig och är inte avsedd att ge en komplett uppsättning funktioner som finns i Java-versionen.
Installation:
& Nbsp; 1. Kontrollera att du har Python 2.5 eller nyare. Om du är osäker, kör:
python -V
& Nbsp; 2. Ladda ner och installera förutsättning python paket:
& Nbsp; 1. Protokoll Buffertar
& Nbsp; Tillgänglig från http://code.google.com/p/protobuf/ eller PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python ersättning för java.util.Properties
& Nbsp; Tillgänglig från http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installera smörbulten paketet:
Python setup.py installera
& Nbsp; Detta steg kan kräva superanvändarens rättigheter.
Användning:
Exempelskript tillhandahålls för att visa hur man kommer åt innehållet i smörbult filer i Python.
& Nbsp; * Här är hur du skannar en smörbulten inriktnings fil:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Filerna basename.entries och basename.header måste avsluta.)
& Nbsp; * Den nästa kommando skriver ut innehållet i en inriktnings fil som text:
GobyAlignmentToText.py basnamn
& Nbsp; * Nästa kommando kommer att konvertera en kompakt läser fil till FASTA format:
GobyCompactToFasta.py file.compact-läser
& Nbsp; * Nästa kommando skriver ut statistik om innehållet i en kompakt läser fil:
GobyReadsStats.py file.compact-läser

Krav :

• Python