edittag

edittag är ett program samling för att utforma uppsättningar redigera metriska sekvenstaggar, kontroll sekvens taggar för konforma till redigerings metriska, och integrera sekvens taggar till plattformsspecifika sekvense adaptrar och PCR-primers. edittag skiljer sig från andra metoder:
& Nbsp; * edittag genererar godtyckliga längder redigera-metrisk sekvens taggar i rimliga tidsramar som använder multi
& Nbsp; * edittag producerar redigera metriska sekvens tag uppsättningar uppfyller redigeringsavståndet valda
& Nbsp; * edittag används primer3 att integrera sekvens taggar till PCR-primers
Vi erbjuder flera stora uppsättningar redigera metriska sekvens taggar utformade med hjälp edittag i följande format:
& Nbsp; * text - filen är i ett lämpligt format för check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite databas
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Stora uppsättningar edit-metrisk sekvensidentifiering
taggar för att underlätta en storskalig multiplexering av läser från massivt
parallell sekvensering. doi_
Installation:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tjära -xzf package.tar.gz
Python setup.py installera
förvaret
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
valfria paket (py-Levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
Python setup.py installera
valfria paket (primer3)
Om du vill utforma primers innehåller redigera metriska sekvenstaggar, måste du först installera en modifierad version av primer3:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
göra
make install
Se till att du flyttar binärer från mod-primer3 till en plats i din väg (flytta minst primer3 långa och primer3_config till samma katalog i din väg). Du kan sedan köra

Krav :

• Python
• numpy
• Levenshtein
• mod-primer3