Basic Local Alignment Search Tool

Basic Local Alignment Search Tool är kort sagt BLAST är en uppsättning likhetssökning program för att utforska alla de tillgängliga sekvensdatabaser oavsett om frågan är protein eller DNA.
Den använder en heuristisk algoritm som söker lokal i motsats till globala inriktningar, och kan därför upptäcka relationer mellan sekvenser som delar endast isolerade områden i likhet.
Det kan köras lokalt som en full körbar, och kan användas för att köra BLAST-sökningar mot privata, lokala databaser, eller laddas ner kopior av NCBI databaser. Den körs på Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF, och HP-UX-system

Vad är nytt i den här versionen:.

• Förbättringar:
• Enhanced dokumentation, innehåller förenklade installationsanvisningar, tillgängliga på http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Stöd för hårt maskering av BLAST databaser.
• Förbättra prestanda makeblastdb för FASTA ingång med ett stort antal sekvenser, förbättra felkontroll.
• Tillåt Bästa Hit alternativ och XML formatering för Blast2Sequences läge
• Tillåt flera frågesekvenser för psiblast.
• Tillåt specificering av någon multipel sekvensinpasssekvens som master med -in_msa psiblast argumentet.
• Lägg en valfri -input_type argumentet att makeblastdb.
• Stöd för fråga och föremål längd till tabell utgång.
• Prestanda av -seqidlist argument förbättras.
• Det minsta antalet beskrivningar och inriktningar används nu för tabell och XML-utdata (i linje med hur de äldre Blåställ applikationer).
• Buggfixar:
• Makeblastdb och blastdbcmd problem med tolkning, lagring och hämtning av sekvens identifierare.
• Missing ämnes identifierare i tabell utgång.
• Blast_formatter ignorerar -num_alignments och -num_descriptions
• Blast arkiv format skulle kunna räddas felaktigt med flera frågor.
• Blast_formatter etablerat ett onödiga nätverksanslutning.
• Blast_formatter räddade inte maskerings informationen på rätt sätt.
• Rpstblastn kan krascha om du söker flera sekvenser.
• Indexerad Megablast skulle inte köras i flertrådade läge.
• Query titel i PSSM sparas genom psiblast inte lagras.
• Eventuellt fel att köra i flertrådade läge med flera frågor eller stora databassekvenser.
• TBLASTN körs med databas maskering kan missa matcher.
• stympad utgång för sekvensinmatning med extra mellanslag i defline
• Problem med MacOSX binärer på MacOSX 10.5

Vad är nytt i version 2.2.24:

• Introducerar BLAST Archive format för att möjliggöra omformatering av stan- Enbart BLAST söker med blast_formatter.
• Det lägger till stöd för översatta ämnet mjuk maskering i explosionen databaserna.
• Det lägger till stöd för BLAST Trace-back operationer (btop) utdataformat.
• Det lägger kommandoradsväljare till blastdbcmd om notering tillgängliga BLAST databaser.
• Förbättrad prestanda för formatering av fjärr BLAST-sökningar. Använder en konsekvent exit kod för ur minnesförhållanden.
• En fix för en bugg i indexerad Megablast med flera rymd separerade BLAST databaser.

Vad är nytt i version 2.2.19:

• BLASTDB miljövariabeln stöder nu flera databas sökvägar . När det är möjligt, är ett mindre proteinuppslagstabell som används för att förbättra prestanda.
• formatrpsdb stöder nu skapa databaser större än 2G.
• seedtop stöder nu sökningar med gi listor.
• X3 värde för BLASTN / Megablast korrigerades.