Open Babel

Open Babel är en öppen källkod, samarbetsvillig, fri och multi bibliotek programvara som har utformats för att fungera som en kemisk verktygslåda speciellt framtagna för att känna igen många språk kemiska data. Det är helt enkelt dubbad & ldquo; The Open Chemistry Toolkit & rdquo;. Funktioner i glanceWith Open Babel, kommer användarna att kunna söka, analysera, konvertera och lagra data från kemi, molekylär modellering, biokemi, samt andra relaterade områden. Den stöder ett brett utbud av vanliga kemiska filformat, inklusive Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, leenden, och KML.
Dessutom ger Öppna Babel en fullfjädrad programmerare verktygslåda, kemisk MIME stöd, SMARTS matcher, flexibel atom / obligations Typer, radering väte och dessutom bitvector klass, matris och vektor transformationer, samt en molekylär prov suite.Under huven och Operativsystem som stöds systemsOpen Babel är skriven helt i programmeringsspråket C ++. Det & rsquo; s sanna plattformsoberoende programvara som stöder GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows och Mac OS X-operativsystem. Både 32-bitars och 64-bitars datorer officiellt stöds vid skrivande stund this.Getting började med Open BabelFirst av allt, rekommenderar vi starkt att du installerar Open Babel med hjälp av förbyggda binärpaket från de standardmjukvaru förråd av din Linux-distribution. Om din GNU / Linux-system doesn & rsquo; t har Open Babel mjukvaran i sina repor, då du & rsquo; ll behöva kompilera och installation av program med universella källorna arkivera tillhandahålls på Softoware.
Hämta arkivet (tar.gz arkiv) extrahera den på en plats som du väljer, öppna en terminalemulator, navigera till den extraherade mappen och kör & ldquo;. Cmake & rdquo; kommando (utan citationstecken) för att konfigurera projektet. Sedan måste du köra & ldquo; göra & rdquo; kommandot, utan citationstecken, naturligtvis, för att sammanställa den. Vänligen se till att CMake verktyg i installerad på ditt operativsystem före ovanstående instruktioner

Vad är nytt i den här versionen:.

• Den här versionen är en stor bugg-fix-utgåva och bör vara en stabil uppgradering, rekommenderas starkt för alla användare av Open Babel. Många buggar och förbättringar har lagts under det senaste året sedan 2.3.0 release.

Vad är nytt i version 2.2.2:

• Den här versionen är en stor bugg-fix release och är en stabil uppgradering, rekommenderas starkt för alla användare av Open Babel. Även om det kanske inte många nya funktioner, många krascher och andra buggar har åtgärdats sedan 2.2.1.
• Uppgraderad till den nya InChI 1.02 utgåvan att producera standardiserade InChI och InChIKey utgång.
• Fast många stereo fel vid läsning / skrivning leenden. Detta är en del i ett större projekt som kommer att vara klar i 2,3 release.
• Fast kompilering och installation på Cygwin och MinGW plattformar.
• Kraftigt förbättrat aromatisk och Kekule obligations uppdrag.
• Förbättrad 2D - & gt; 3D samordna generation
• Förbättrad koordinat generationen använder --gen3d kommandoraden drift
• Förbättrad prestanda för koordinat generation.
• Ny --fillUC kommandoraden drift för babel.
• Fixar till pH-beroende väte tillsats.
• Utökat stöd för att läsa vibrationsdata från Molden, Molpro och NWChem utdatafiler.
• Uppdaterad atomradier från senaste teoretiska beräkningar.
• Fixat bugg när man läser gzip-komprimerad Mol2 eller XML-filer.
• Stäng filer efter ett fel. Åtgärdar en bugg med Pybel där filerna skulle förbli öppen.
• Många fler buggfixar och små funktionsförbättringar. == Nya filformat == Import & Export:
• Molpro ingång och utgång.
• VASP koordinatfiler (CONTCAR och POSCAR).

Vad är nytt i version 2.2.1:

• Förbättrade skriptgränssnitt, inklusive Python 3 stöd och förbättrat Java och C # stöd.
• Stöd för MACCS fingeravtryck. Tack vare RDKit projektet.
• Många fixar och förbättringar av kraftfältet koden. I synnerhet bör genomförandet UFF kraftfält hantera många fler molekyler.
• Förbättrad 3D koordinat generation, särskilt med ringfragment. Du kan ge det ett försök med obgen verktyget.
• Fixat en mängd PDB import fel med atomtyper.
• Utökat stöd för att läsa avgifter och radier från PQR filformat.
• Stöd för läs- och skrivenhetsceller i PDB format.
• Nytt & quot; output & quot; filformat för att ta generisk & quot; .out & quot ;, & quot; .log & quot ;, och & quot; .dat & quot; filer och läsning med lämplig filtyp baserat på innehållet. För närvarande fungerar mycket bra för kvantkemi paket.
• Inkom förbättrad hantering och rapportering när inte ladda filformat fel.
• Förbättrat stöd CIF filformat.
• Många, många, många fler buggfixar och små förbättringar.