tapir

tapir är ett Python verktyg som innehåller program för att beräkna och rita fylogenetiskt informativeness för stora datamängder.
Värdera tapir
När du använder tapir, vänligen citera:
- Faircloth BC, Chang J, Alfaro ME: tapir möjliggör hög genomströmning analys av fylogenetiska informativeness.
- Townsend JP: Profilering fylogenetiskt informativeness. Systematisk Biol. 2007 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: hyphy: hypotesprövning med hjälp av fylogenier. Bioinformatik 2005 21: 676-679.
Installation
För närvarande är det enklaste sättet att installera programmet:
git clone git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / sökväg / till / tapir
För att köra tester:
cd / sökväg / till / tapir /
python-test / test_townsend_code.py
Använd
Den estimate_p_i.py kod anropar en batch-fil för hyphy som är i mallar /. Den här filen måste vara i samma position i förhållande till den plats där du sätter estimate_p_i.py. Om du installerar tunnar enligt ovan, kommer du att bli bra, för tillfället.
Att springa:
cd / sökväg / till / tapir /
Python tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - utgång Output_Directory
& Nbsp; - epoker = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ggr = 37,93,100,170
& Nbsp; - multi
--multiprocessing är frivilligt, utan det kommer varje ställe att köras i följd.
Om du redan har kört ovanstående och sparade resultat till din output mapp (se nedan), kan du använda befintliga platsen ränta register snarare än att uppskatta de igen med:
Python tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - utgång Output_Directory
& Nbsp; - epoker = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - ggr = 37,93,100,170
& Nbsp; - flera processorer
& Nbsp; - site-priser
Resultat
tapir skriver resultat till en SQLite-databas i utgångs katalog som du väljer. Denna katalog har också plats ränta filer i JSON-format för varje lokus passera genom tapir_compute.py.
Du kan få tillgång till resultaten i databasen enligt följande. För fler exempel, inklusive konspirera, finns i dokumentationen
- Skruva upp sqlite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / fylogenetisk-informativeness.sqlite
- Få integrerade uppgifter för alla epoker:
& Nbsp; välj locus, intervall, pi från loci, intervall där loci.id = interval.id
- Få integrerade data för en viss epok:
& Nbsp; välj locus, intervall, pi från loci, intervall
& Nbsp; där intervall = '95 -105 'och loci.id = interval.id;
- Få räkningen av loci med max (PI) vid olika epoker:
& Nbsp; skapa temporära tabeller max som väljer id, max (pi) som max från intervall grupp av id;
& Nbsp; skapa temporära tabeller t som väljer interval.id, intervall, max från intervallet, max
& Nbsp; där interval.pi = max.max;
& Nbsp; välj intervall, räkna (*) från t grupp genom intervallet;
Tack
Vi tackar Francesc Lopez-Giraldez och Jeffrey Townsend för att förse oss med en kopia av deras webb-ansökan källkod. . BCF tack S Hubbell och P Gowaty

Krav :

• Python
• SciPy
• numpy
• DendroPy
• hyphy2 (ladda ner eller bygga en entrådiga hyphy2)