Pathomx (tidigare MetaPath) är en öppen källkod grafisk programvara implementeras i ipython, Qt och PyQt, designad från grunden för att fungera som en interaktiv verktyg för visualisering och analys av metabola uppgifter enligt GNU / Linux och andra POSIX & nbsp; Rörelse system. Det var från början konstruerad för att användas för bearbetning av metabolomik data.Features vid ett glanceKey funktioner inkluderar stöd för att importera och exportera NMR (Nuclear Magnetic Resonance) uppgifter, spektra bearbetning, inklusive normalisering, binning och anpassning, samt metaboliska vägen visualisering och gruvdrift. Du kommer också att kunna importera iska och metabolomik data via olika vägar för visualisering på angivna vägar.
Olika MetaCyc databas anteckningar ingår också i Pathomx ansökan, bland vilka kan nämnas databas enande länkar, synonymer, samt tillhörande vägar och reaktioner. Observera att MetaCyc databasen härrör från den offentliga API.
Programmet använder den kraftfulla MetaCyc databas för snabb utforskning av komplexa datamängder, tack vare Extensible och konfigurerbara plugins. Dessutom använder de numpy och SciPy biblioteken för nummer hantering, matplotlib för grafer, nmrglue för NMR data import, D3.js för interaktiva grafer och scikit-lära för statistisk analys methods.Under huven och stödde OSesLooking under huven på Pathomx, kan vi märka att programmet har byggts på ipython kommandoskal. Det fungerar också bra i Microsoft Windows och Mac OS X-operativsystem, för vilka det är tillgänglig för nedladdning som färdiga binärpaket. För GNU / Linux är programvaran distribueras enbart som en gzipped källa arkiv kompatibel med 32-bitars och 64-bitars hårdvaruplattformar.
När du använder Pathomx, bör användarna tänka på att tillämpningen använder data från MetaCyc vägen själva databasen, vilket är en del av BioCyc familjen. Den MetaCyc API används för att generera den medföljande databasen, som lagras lokalt
Vad är nytt i den här versionen:.
- En helt ny dra-släpp visuella redigeraren sattes.
- Det låter dig skapa analysarbetsflöden genom att dra verktyg i arbetsytan, redigera anslutningar genom att dra datalinjer mellan verktyg, och med hjälp av vyer inline att få en överblick över aktuell behandling.
- Data kan släppas in i arbetsytan för omedelbar import.
- Den tillade också levande per-verktyg framsteg anmälningar, barer och statusindikatorer.
- Fel flaggas med hjälptext (verktygstips på verktyg vid indikerade röd).
Krav :
- Graphviz
Kommentarer hittades inte