CodonW

CodonW är ett program som syftar till att förenkla multivariat analys (korrespondens analys) av kodon och aminosyra användning. Det beräknar också standardindex kodonanvändning. Det har både meny och kommandoraden gränssnitt.
Den CodonW projektet skriven av John Peden i labbet av Paul Sharp, Institutionen för genetik, University of Nottingham. John arbetar i humangenetik och är för närvarande anställd som ProCardis databashanterare på WTCHG i Oxford University.
Här är några viktiga inslag i "CodonW":
· Skrivet i ANSI-kompatibel C
· Meny driven
· Omfattande antal kommandoradsflaggor
· Genetisk kodoberoende
· Inga begränsningar på
1. antal sekvenser
2. sekvenslängd
· Beräknar index kodonanvändningen
1. CAI: kodon anpassning Index
2. Fop: Frekvens av optimala kodon
3. NC: Effektivt antal kodon
4. CBI: Kodon Bias index
· Beräknar aminosyra index
1. SKY Poäng
2. aromatiskhet
· Beräknar korrespondensanalys av
1. kodonanvändning
2. RSCU (relativ också kodonanvändning)
3. Aminosyra användning
· Korrespondens analys
1. kan inkludera / exkludera kodoner / aminosyror
2. kan generera detaljerade rapporter om trender
3. försök att identifiera optimala kodon automatiskt
4. kan möjliggöra ytterligare uppgifter som skall läggas
5. registrerar valfritt antal trender
· Beräknar gen parametrar
1. Gen längd
2. GC, GC3s och kodonposition specifik G + C
3. Dinukleotid sammansättning (i alla tre kodon ramar)
4. Aminosyra användning
5. Relativ aminosyra användning
6. Kodonanvändning
7. Relativ Synonym kodonanvändning
· Kan begrepps översätter sekvenser till protein
· Omformasekvensdata
· Captcha maskinläsbara utgång
· Kan sammanfoga gener (samtidigt bevara läsram) för att beräkna
1. övergripande kodonanvändning
2. GC-innehåll
3. Dinukleotid komposition
· Genererar tabeller över kodon, aminosyra, eller RSCU användning
· Kan även hjälpa dig att lära dig den genetiska koden.
· Och mer