mpiBLAST är en MPI bygger genomförs parallellt NCBI BLAST. Projektet består av ett par program som ersätter formatdb och Blåställ med versioner som utför BLAST jobb parallellt på ett kluster av datorer med MPI installerade. Det finns två huvudsakliga fördelar med att använda mpiBLAST kontra traditionella BLAST.
Först mpiBLAST delar upp databasen över varje nod i klustret. Eftersom varje nod segment av databasen är mindre kan det vanligtvis uppe i bufferten-cache, vilket gav en signifikant uppsnabbning på grund av eliminering av disk I / O. För det andra, gör det möjligt BLAST användare att dra nytta av effektiva, billiga Beowulf kluster eftersom interkommunikations krav är låga.
mpiBLAST uppnår super linjär uppsnabbning i situationer där databasen är för stor för att passa in i RAM-minnet, och nästan linjär uppsnabbning i andra situationer. Det kräver inte en dedikerad kluster.
Krav:
Kommentarer hittades inte