BioRuby erbjuder en integrerad miljö för bioinformatik (biologi Informationsvetenskap).
Objektorienterad skriptspråk Ruby har många funktioner som lämpar sig för bioinformatik forskning, till exempel tydlig syntax uttrycka komplexa objekt, reguljära uttryck för texthantering som kraftfulla som Perl och rsquo; s, ett brett utbud av bibliotek, inklusive webbtjänsten etc.
Eftersom Ruby syntax är enkel och mycket ren, vi tror att det är lätt att lära sig för nybörjare, lätt att använda för biologer, och även tillräckligt kraftfull för mjukvaruutvecklare.
I BioRuby, kan utvecklaren hämta biologiska databasposter från platta filer, internet webbservrar och lokala relationsdatabaser.
Dessa databasposter kan tolkas för att extrahera information du behöver. Biologiska sekvenser kan behandlas med givande metoder för Ruby & rsquoen; s String klass och med reguljära uttryck.
Biblioteket kan integreras med verktyg som Blast, Fasta, hmmer och många andra mjukvarupaket för biologisk analys.
BioRuby stöder stora biologiska databas format och ger många sätt för att komma åt dem genom Platt fil indexering, SQL, webbtjänster etc. Olika webbtjänster inklusive Kegg API kan lätt utnyttjas av BioRuby.
Funktioner :
- BioRuby skal
- API
- Dokumentation
Krav :
- Ruby 1.8.7 eller senare
Kommentarer hittades inte