DendroPy

Det ger klasser och funktioner för att arbeta med fylogenetiska data som träd och tecken matriser.
Det stöder också läsning och skrivning av data i en rad standard fylogenetiska dataformat, såsom NEXUS, NeXML, phylip, Newick, FASTA, etc ..
Dessutom är skript för att utföra några användbara fylogenetiska beräkningar distribueras som en del av biblioteket, såsom SumTrees, som sammanfattar stöd för split eller klader ges av en bakre prov av fylogenetiska träd.
Det förlängs dokumentation och handledning filer i det nedladdade paketet

Vad är nytt i den här versionen.

• Ny infrastruktur för metadata anteckningar. AnnotationSet och Notering
• Fullt stöd för NeXML 0,9 metadata tolkning och skrift.
• get_from_url () och read_from_url () metoder tillåter nu för avläsning av fylogenetiska data från webbadresser.
• Lade GBIF interoperabilitet modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Vad är nytt i version 3.12.2:

• Ny infrastruktur för metadata anteckningar: AnnotationSet och Anteckningar.
• Fullt stöd för NeXML 0,9 metadata tolkning och skrift.
• get_from_url () och read_from_url () metoder tillåter nu för avläsning av fylogenetiska data från webbadresser.
• Lade GBIF interoperabilitet modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
.

Vad är nytt i version 3.11.0:

• Ny ansökan skript för sammanlänkning av filial etiketter från hela flera ingångs träd. sumlabels.py
• Ny interoperabilitet klass dendropy.interop.seqgen.SeqGen. omslag för Seq-Gen integreras i biblioteket
• Ny funktion interoperabilitet dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. wrapper för MUSKEL inriktning
• Ny interoperabilitet klass dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner. omslag för RAxML
• prune_taxa () metoden läggs till CharacterMatrix.
• Math moduler flyttade till sin egen underpaket. dendropy.mathlib
• Ny modul för matris och vektorberäkningar. dendropy.mathlib.linearalg
• Ny modul för beräkning statistisk avstånd. dendropy.mathlib.distance
• Familj Mahalanobis avstånd beräkningsfunktioner i dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Vad är nytt i version 3.9.0:

• Nya funktioner:
• Phylogenetic oberoende kontraster (PIC) analys kan nu utföras med användning av dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts klassen.
• Förenklad innehöll coalescent (gen träd i artträd) simulering.
• Ändringar:
• Sökords argument till as_string (), write_to_path (), write_to_file etc. metoder har tweaked att bli mer konsekvent för NEXUS och Newick format. Är fortfarande stöds tidigare sökord, men att föråldras. Den nya uppsättningen av sökord argument stöds kan ses i: ref: NEXUS och Newick skriver anpassning & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; avsnitt.
• NEXUS och Newick formaten nu standard till fall-okänsliga taxon etiketter; ange case_insensitive_taxon_labels = Falskt för skiftlägeskänslighet.
• Buggfixar:
• Läsning interfolierad karaktär matriserna inte längre resulterar i det efterföljande blocket är överhoppad (NEXUS).
• Caught OverflowError vid beräkning av sammanfattande statistik.

Vad är nytt i version 3.8.0:

• Trädobjekt kan nu rerooted vid mittpunkten (se Tree.reroot_at_midpoint ()).
• Anteckningar (dvs attribut träd, Node eller Edge föremål som har haft & quot; Kommentera () & quot; uppmanade dem) kan nu skrivas som metadata kommentarer (& quot; [& fält = värde] & quot;) när du skriver NEXUS / Newick format om sökordet argument annotations_as_comments används.
• När du läser i NEXUS / Newick format träd, ange extract_comment_metadata = True kommer att resultera i metadata kommentarer dras in ordbok, med nycklar som fältnamn och värden är fältvärdena.
• När man läser uppgifter NEXUS format, SETS blocken kommer att behandlas, och teckenuppsättningar tolkas i den aktuella CharacterDataMatrix.
• Teckenuppsättningar (som t ex analyseras av NEXUS SETS block: se ovan) kan exporteras som nya CharacterDataMatrix objekt, och sparas / manipuleras / etc. independentally.
• När du skriver i NEXUS eller Newick format, kan write_item_comments sökordet argument (Sant eller falskt) styra om utökade kommentarer i samband med noder på träd kommer att skrivas eller inte.
• TopologyCounter klass läggs till dendropy.treesum. möjliggör spårning av topologi frekvenser
• treesplits.tree_from_splits () gör det möjligt konstruera av (topologi enbart) träd från en uppsättning av splittringar.
• De flesta funktioner som används för att vara "dendropy.treemanip" har nu migrerat som infödda metoder i dendropy.Tree klassen. "Dendropy.treemanip" att föråldras.
• Trees kan nu beskäras baserat på en lista över taxa etiketter för att ta bort eller behålla (tidigare, skulle de metoder som bara acceptera listor över Taxon objekt).

Vad är nytt i version 3.7.1:

• Nya funktioner:
• Genomförande av "allmänna urvalsmetoden" (Hartman et al 2010:... Provtagning Trees från Evolutionära modeller, Syst Biol 49, 465-476). metod för att simulera träd från födelsedöds modell
• Ändringar:
• Rätt / konsekventa namn för vissa sannolikhetsfunktioner.
• Buggfixar:
• Bug för att bekräfta överskrivning av produktionen fil när du använder SumTrees "-e '/' - split-kanter". alternativ
• Forntida och grizzled semi-fossilt hänvisning till "taxa_block" korrigeras till "taxon_set".

Vad är nytt i version 3.7.0:.

• migreras till BSD-stil licens

Vad är nytt i version 3.6.1:

• SumTrees nu arbetar (i serieläge) under äldre Python-version (dvs. & # x3c; 2,6).
• Korrigeringar för kompatibilitet med Python 2.4.x.

Vad är nytt i version 3.5.0:

• Inkom ladderize () metoden att beställa noder i stigande (standard) eller fallande (ladderize (höger = sant)) ordning.
• Lade & quot; fä-summary-träd & quot; schema specifikation för att bearbeta BEAST kommenterade konsensusträd.
• Lade till ny modul för att interagera med NCBI databaser. dendropy.interop.ncbi

Vad är nytt i version 3.4:..

• Medföljande ez_setup.py uppdaterats till senaste versionen

Krav :

• Python 2,4-3,0