MetagenomeDB

MetagenomeDB är en Python-bibliotek för att enkelt lagra, hämta och kommentera metagenomic sekvenser. & Nbsp; MetagenomeDB fungera som ett abstraktionslager ovanpå en MongoDB databas. Det ger ett API för att skapa och ändra och koppla två typer av objekt, nämligen sekvenser och samlingar:
& Nbsp; * sekvenser (sekvens klass) kan vara läser, contigs, PCR-kloner, etc.
& Nbsp; * samlingar (Samling klass) representerar uppsättningar av sekvenser; t.ex. läser till följd av sekvenseringen av ett prov, contigs sammansatta av en uppsättning läser, PCR bibliotek
Alla objekt kan kommenteras med hjälp av en ordbok-liknande syntax:
# Första, vi importerar biblioteket
import MetagenomeDB som MDB
# Sedan skapar vi en ny sekvens objekt med två
# (Obligatoriskt) egenskaper, "namn" och "sekvens"
s = mdb.Sequence ({"namn": "Min sekvens", "sekvens": "atgc"})
# Objektet kan nu kommenterad
tryck s ["längd"]
s ["typ"] = "läsa"
# En gång ändrats, måste objektet som ska begås
# Till databasen för de ändringar förblir
s.commit ()
Objekt av typ sekvens eller samling kan anslutas till varandra för att representera olika metagenomic datamängder. Exempel innefattar, men är inte begränsade till:
& Nbsp; * samling läser till följd av en sekvenseringskörning (förhållandet mellan flera sekvens föremål och en samling)
& Nbsp; * uppsättning kontiger följd av monteringen av en uppsättning läser (förhållandet mellan två samlingar objekt)
& Nbsp; * läser som är en del av en kontig (förhållandet mellan flera sekvens föremål och en sekvens)
& Nbsp; * sekvens som liknar en annan sekvens (förhållandet mellan två Sequence objekt)
& Nbsp; * samling som är en del av en större samling (förhållandet mellan två samlingar objekt)
Resultatet är ett nätverk av sekvenser och insamling, som kan utforskas med hjälp av särskilda metoder; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Var och en av dessa metoder möjliggör avancerade filter använder MongoDB fråge syntax:
# Lista alla samlingar av typ "collection_of_reads"
# Sekvensen "s" tillhör
samlingar = s.list_collections ({"typ": "collection_of_reads"})
# Lista alla sekvenser som också hör till dessa samlingar
# Med en längd av minst 50 bp
för c i samlingar:
& Nbsp; print c.list_sequences ({"längd": {"$ gt": 50}})
MetagenomeDB ger också en uppsättning av kommandoradsverktyg för att importera nukleotidsekvenser, proteinsekvenser, BLAST och FASTA anpassningen algoritmer utgång, och ACE monterings filer. . Andra verktyg tillhandahålls för att lägga till eller ta bort flera objekt, eller att kommentera dem

Krav :

• Python