SSuMMo är ett bibliotek med funktioner som utformats kring iterativt med hjälp hmmer att tilldela sekvenser till taxa. & Nbsp; Resultaten är mycket kommenterade träd som visade arter / genus fördelning inom denna gemenskap.
Program som medföljer källkoden innehålla verktyg för att -
- Bygg en hierarkisk databas med dolda Markov Models - dictify.py;
- Fördela sekvenser till erkända taxonomiska namn - SSUMMO.py;
- Analysera biologiska mångfalden, med hjälp av Simpson, Shannon & andra methods- rankAbundance.py;
- Visualisera resultat som cladograms med en tydlig möjlighet att enkelt kors jämföra dataset - comparative_results.py
- Konvertera resultatet till phyloxml Format: dict_to_phyloxml.py;
- Build html representation - dict_to_html.py.
- Tomt förtunning kurvor och beräkna motsvarande index för biologisk mångfald
Python-källkod finns här, på google-kod. Den färdigbyggd hierarkisk databas med HMMer, samt en optimerad SQL taxonomi databas (används för att härleda leden av varje taxon) kan laddas ner från: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
För att installera information hänvisas till README. För information om användning, finns det en wiki (ovan), och en preliminär bruksanvisning har lagts till svn stammen
Krav :.
- Python
Kommentarer hittades inte