NeuronVisio

NeuronVisio ansluter med NEURON använder det nya Python NEURON gränssnittet.
Installation:
För att installera NeuronVisio måste du uppfylla följande beroenden
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * visuell
& Nbsp; * matplotlib
Enkel installation
Det enklaste sättet att få neuronvisio är om du har setuptools installerat:
easy_install neuronvisio
Utan setuptools, det är fortfarande ganska lätt. Hämta neuronvisio.tgz fil från neuronvisio s Cheeseshop sida, untar den och kör:
Python setup.py installera
Dokumentation
Dokumentationen finns i mappen eller online dok.
Snabbstart
Denna kod är bara att ge en uppfattning om hur man använder nrnvisio modulen:
1. eld upp en ipython konsol med pylab brytare .:
& Nbsp; ipython -pylab # Om du inte använder växeln kommer du inte att se någon graf.
2. Importera modulen:
& Nbsp; från neuronvisio.controls importkontroller
& nbsp; kontroller = Kontroller ()
När nrnvisio startas tråden lanseras. I denna tråd hela processen med nrnvisio kommer att hända utan att blockera konsolen.
Som ett snabbt exempel följande kod:
& Nbsp; 1. Skapar ett enda avsnitt som heter soma
& Nbsp; 2. Sätt en Hodgkey-Huxley kanal och en passiv konduktans
& Nbsp; 3. Sätt en alphaSynapse att tillhandahålla en Stimul.
Ett snabbt exempel kan vara följande ::
från nrnvisio.controls importkontroller
kontroller = Kontroller () # Starta GUI
från neuron import h # Att få HocInterpreter
soma = h.Section () # Skapa ett avsnitt
soma.insert ("hh") # Infoga en HH-kanal
soma.insert ("pas") # sätter i en passiv konduktans
syn = h.AlphaSynapse (0.5, s = soma) # synaptic ingång
syn.onset = 0,5 # när till brand
syn.gmax = 0.05 # konduktans synapsen
syn.e = 0 # återföring potentialen
Fler exempel i exemplet katalogen visar hur man använder Neuronvisio med mer komplex modell

Funktioner :.

• 3D-visualisering av modellen med möjlighet att ändra det runtime
• Skapande av vektorer för att registrera alla variabler som finns i avsnittet
• Pylab integrationen att rita direkt resultatet av simuleringen
• Undersökning av tidsförloppet av någon variabel bland gång med en färgkodad skala
• GUI körs i en egen tråd så det är möjligt att använda konsolen (starkt föreslås ipython)

Krav :

• Python