Ledig Bioinformatik För Linux

Seal är en Python-modul som ger sekvensinpass på Hadoop.Seal är en av MapReduce ansökan om biologisk sekvensinpass. Den körs på Hadoop (http://hadoop.apache.org) genom Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net), ett Python MapReduce och HDFS API för Hadoop. ...

TRMiner är en Python verktyg som syftar till att vetenskapliga data curatorer. & Nbsp; Det gör att snabbt beskära stora samlingar av vetenskapliga publikationer till meningar som är relevanta för en viss gruv mål.Detta uppnås i två steg. Först texter...

Pysam är en Python-modul för att läsa och manipulera Samfiles. & Nbsp; Det är en lätt täckblad av samtools C-API.Snabbstartsguiden är här. Mer detaljerad dokumentation finns här.Frågor och kommentarer är mycket välkomna och bör skickas till den pysam...

PySCeS är ett projekt som utvecklats av Triple-J-gruppen för Molecular Cell Physiology. & Nbsp; för att försöka modell och förstå de komplexa processer och system som utgör den levande cellen Funktioner :. En text baserad modell beskrivningsspråk ...

smörbult är en Python API för läsning av binära datafiler skapas med hjälp datahantering ramverket smörbulten next-gen.Normalt kommer denna katalog som en del av det kompletta smörbulten paketet, tillgänglig från:& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/Det...

SSuMMo är ett bibliotek med funktioner som utformats kring iterativt med hjälp hmmer att tilldela sekvenser till taxa. & Nbsp; Resultaten är mycket kommenterade träd som visade arter / genus fördelning inom denna gemenskap.Program som medföljer källkoden...

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) är ett effektivt program som anpassar relativt korta nukleotidsekvenser mot en lång referenssekvens som det mänskliga genomet.Programvaran implementerar två algoritmer, BWA-kort och BWA-SW. De tidigare arbeten för...

Torv är en svit av program för att fånga, förutsäga och analysera biofysiska egenskaper proteiner.Se http://enzyme.ucd.ie/PEAT för dokumentation, instruktioner, skärmdumpar etc Krav :. ...

OpenElectrophy är ett ramverk för att underlätta bearbetning, lagring och analys av elektrofysiologiska data. Det kan importera data från många olika filformat och lagra dem i en enda SQL-databastypen.Analysverktyg ingår i OpenELectrophy är oscillation...

NEO (Neural Ensemble Objects) och är ett projekt för att ge en gemensam uppsättning basklasser som skall användas i neurala dataanalys, i syfte att få OpenElectrophy, NeuroTools och kanske andra projekt med liknande mål mer nära varandra.Två viktiga mål...